PDB-3hrk: Histidyl-tRNA synthetase from Trypanosoma cruzi (Histidyl-adenyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hrk

タイトル

Histidyl-tRNA synthetase from Trypanosoma cruzi (Histidyl-adenylate complex)

要素

Histidyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / tRNA-ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Larson, E.T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of trypanosomal histidyl-tRNA synthetase illuminate differences between eukaryotic and prokaryotic homologs.
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T.L. / Gillespie, J.R. / Larson, E.T. / Kelley, A. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Kim, J. / Zhang, L. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Buckner, F.S. / van ...

履歴

登録	2009年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hrk.cif.gz	175.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hrk.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hriC 3lc0C 3hrj PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hri-1 4yrm-1 4yro-1 3lc0-1 1m5b-d 4yrs-1 1m5e-d 4x48-d 4yp0-1 3583 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Histidyl-tRNA synthetase

B: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.360, 166.987, 66.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 70
2	1	1	2	B	1 - 70
1	1	2	2	A	76 - 450
2	1	2	2	B	76 - 450

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Histidyl-tRNA synthetase 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncleaved 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-HAM / HISTIDYL-ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 484.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁N₈O₈P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 28% PEG 3350, 0.1 M Bis/Tris pH 5.5, 1mM TCEP, 10 mM L-Histidine; subsequent soak against effective concentration 5mM ATP, 5mM MgCl2, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97923 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97923 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 19599 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 63 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Χ²: 1.071 / Net I/σ(I): 7.746

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.05-3.16	2.7	0.905	1641	1.019	1	68.7
3.16-3.29	2.8	0.626	1739	1.08	1	72.8
3.29-3.43	2.8	0.488	1741	1.176	1	72.3
3.43-3.62	2.7	0.358	1788	1.176	1	74.6
3.62-3.84	2.7	0.252	1860	1.25	1	77.3
3.84-4.14	2.7	0.194	1961	1.127	1	80.6
4.14-4.56	2.8	0.112	2135	1.072	1	87.8
4.56-5.21	3.1	0.091	2225	1.065	1	90.7
5.21-6.57	3.6	0.088	2253	1.015	1	90.6
6.57-50	3.6	0.051	2256	0.904	1	86

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 40.04 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.04 Å	42.56 Å
Translation	3.04 Å	42.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HRJ

3hrj
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.05→42.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / WR_factor R_free: 0.282 / WR_factor R_work: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.736 / SU B: 54.71 / SU ML: 0.506 / SU R Cruickshank DPI: 0.464 / SU R_free: 0.612 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.612 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.308	1022	5.2 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.236	19569	80.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.5 Å² / B_iso mean: 29.905 Å² / B_iso min: 3.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→42.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6477	0	67	0	6544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6728
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.119	1.98	9149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.803	3.001	11075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.072	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.036	23.158	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.497	15	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.111	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.363	1.5	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.045	1.5	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.69	2	6700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.824	3	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.488	4.5	2442

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	129	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	197	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
1	129	TIGHT THERMAL	0.92	10
1	197	MEDIUM THERMAL	0.96	10
2	2191	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	2699	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
2	2191	TIGHT THERMAL	1.72	10
2	2699	MEDIUM THERMAL	1.82	10

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.615	44	-
R_work	0.37	1101	-
all	-	1145	-
obs	-	-	64.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7094	1.2915	1.7691	4.3991	1.3783	0.8182	0.3674	-0.4238	0.2134	0.9187	-0.5487	0.8463	0.31	-0.2585	0.1813	0.4842	-0.1915	0.2368	0.2721	-0.1603	0.2548	15.255	26.347	19.288
2	6.7902	3.6538	0.2639	5.7078	-0.7446	1.8389	0.7397	-1.2386	-0.5861	1.3417	-0.6702	-0.3996	0.5114	0.1161	-0.0695	0.7104	-0.166	-0.0986	0.3339	0.0594	0.1828	34.552	29.197	28.721
3	0.8719	-0.4259	-0.85	2.6388	-0.2431	6.5263	0.302	-0.5193	0.1248	0.3624	-0.3115	0.053	0.0474	-0.257	0.0096	0.3321	-0.3234	0.0751	0.5865	-0.0919	0.2886	29.868	43.517	36.101
4	2.0967	1.1221	1.0659	1.8214	1.2611	2.8164	0.337	-0.6579	0.2151	0.4135	-0.4525	0.1389	0.0899	-0.4554	0.1156	0.1821	-0.1057	0.1348	0.2415	-0.0211	0.2553	24.655	40.352	23.105
5	5.8102	3.598	3.4666	5.7874	-2.758	19.186	-0.0207	0.2242	-0.2887	0.1533	-0.0949	-0.7297	1.0618	0.4536	0.1156	0.337	0.1004	-0.0944	0.0619	0.0001	0.3947	40.708	25.076	18.411
6	6.4787	2.4439	3.0327	1.4602	0.0109	8.1495	1.1745	-0.4257	-1.5073	0.56	-0.6146	-0.3054	1.2091	-0.1809	-0.5599	0.5989	-0.2606	-0.0566	0.3711	-0.0759	0.5978	21.25	15.61	16.716
7	4.2606	1.1131	-0.5716	4.328	1.1882	3.4214	0.3181	-0.2107	-1.1989	0.6133	-0.1361	-0.5843	0.7612	0.3317	-0.182	0.4575	0.055	-0.1441	0.1159	0.0218	0.4738	26.693	5.801	4.295
8	1.9055	1.7411	0.52	3.9622	1.3099	1.4625	0.0822	0.0109	-0.6099	0.1865	0.0128	-0.5611	0.4136	0.1546	-0.0949	0.2152	0.0857	0.028	0.0434	0.0159	0.2763	31.449	19.184	5.137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	248 - 435
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	159 - 247
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	248 - 435

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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