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- PDB-3hri: Histidyl-tRNA synthetase (apo) from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hri
タイトルHistidyl-tRNA synthetase (apo) from Trypanosoma brucei
要素Histidyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / apo tRNA-ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
histidine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Larson, E.T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of trypanosomal histidyl-tRNA synthetase illuminate differences between eukaryotic and prokaryotic homologs.
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T.L. / Gillespie, J.R. / Larson, E.T. / Kelley, A. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Kim, J. / Zhang, L. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Buckner, F.S. / van ...著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T.L. / Gillespie, J.R. / Larson, E.T. / Kelley, A. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Kim, J. / Zhang, L. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Buckner, F.S. / van Voorhis, W.C. / Hol, W.G.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidyl-tRNA synthetase
B: Histidyl-tRNA synthetase
C: Histidyl-tRNA synthetase
D: Histidyl-tRNA synthetase
E: Histidyl-tRNA synthetase
F: Histidyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,2466
ポリマ－307,2466
非ポリマー00
水00
1
A: Histidyl-tRNA synthetase
B: Histidyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4152
ポリマ－102,4152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area34380 Å2
手法PISA
2
C: Histidyl-tRNA synthetase
D: Histidyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4152
ポリマ－102,4152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area34490 Å2
手法PISA
3
E: Histidyl-tRNA synthetase
F: Histidyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4152
ポリマ－102,4152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.610, 98.380, 251.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A44 - 477
2115B44 - 477
3115C44 - 477
4115D44 - 477
5115E44 - 477
6115F44 - 477

-
要素

#1: タンパク質
Histidyl-tRNA synthetase


分子量: 51207.621 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncleaved
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb927.6.2060 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q584V0, histidine-tRNA ligase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 2 M Lithium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.3, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→128.322 Å / Num. obs: 99984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase

解像度: 2.85→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.844 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / WRfactor Rfree: 0.318 / WRfactor Rwork: 0.275 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.781 / SU B: 46.029 / SU ML: 0.406 / SU R Cruickshank DPI: 0.649 / SU Rfree: 0.429 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 4225 5 %RANDOM
Rwork0.272 ---
obs0.274 85073 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 20 Å2 / Biso mean: 20 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å2-0.72 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18069 0 0 0 18069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02218449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9625073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.875329665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02352347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11523.071788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.193152888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.04915144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02120649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023913
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A2179MEDIUM POSITIONAL0.160.25
B2179MEDIUM POSITIONAL0.160.25
C2179MEDIUM POSITIONAL0.170.25
D2179MEDIUM POSITIONAL0.160.25
E2179MEDIUM POSITIONAL0.160.25
E2179MEDIUM POSITIONAL0.170.25
A2621LOOSE POSITIONAL0.225
B2621LOOSE POSITIONAL0.215
C2621LOOSE POSITIONAL0.215
D2621LOOSE POSITIONAL0.245
E2621LOOSE POSITIONAL0.235
F2621LOOSE POSITIONAL0.225
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 289 -
Rwork0.384 5951 -
all-6240 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7964-0.9218-0.5612.92012.15622.2378-0.2815-0.09260.13210.02230.1655-0.07390.28650.38530.1160.3130.05970.09980.15160.08820.2922-32.289-15.5489.107
28.881-4.0309-7.0628-0.86883.388814.89460.14071.78622.2389-0.41670.0257-0.518-0.36150.6705-0.16640.53930.0739-0.16050.79450.31041.0028-39.556-6.117-10.618
31.6466-2.94950.26348.53743.96836.06930.1060.51080.495-0.2112-0.3928-0.5213-0.35160.5180.28690.38290.05690.00750.20170.18880.3328-38.661-7.4672.625
41.2166-0.7492-0.60195.1111-1.48331.7825-0.07510.04130.3703-0.0359-0.0070.0623-0.1589-0.2090.08210.29540.0324-0.03280.0635-0.06360.4342-34.7727.13814.322
55.64392.757-4.46763.8609-3.08514.8942-0.39660.6313-0.06-0.2731-0.1677-0.08170.12690.24480.56440.8082-0.0961-0.10410.64050.23220.655-28.31822.0860.267
64.20740.2878-0.2519.5701-7.67025.2594-0.3979-0.08670.887-0.43320.0006-0.4360.4718-0.08190.39730.3707-0.1122-0.02870.0902-0.06610.6626-33.56613.12315.336
70.9697-0.30870.02334.3977-0.8140.27540.19010.042-0.02710.0638-0.2746-0.08040.02530.19690.08450.34930.01960.02440.2327-0.02630.2559-30.695-17.89716.947
810.82426.3607-3.243114.0361-4.33477.554-0.0294-0.79750.36640.6921-0.1745-0.3336-0.12660.27040.20390.54940.1722-0.21360.2874-0.0030.5161-23.624-42.6732.655
95.1791-2.6172-0.23743.3262-2.4743.3743-0.0607-0.04090.10410.0070.19350.1812-0.047-0.306-0.13280.2458-0.0205-0.02960.0867-0.09910.2943-41.872-21.1928.65
105.0385-11.90640.766323.4182-3.07496.5481-0.26050.2616-0.5452-0.4914-0.45190.075-0.5795-0.40180.71230.7947-0.0319-0.01180.5497-0.17570.6491-34.404-27.988-12.07
110.6043-2.2339-0.02048.4208-0.47267.1670.28550.4849-0.1391-0.9668-0.38040.67770.8262-0.57990.09490.4678-0.01060.03730.4652-0.05870.2565-35.425-28.4011.331
123.65980.9638-0.23596.22291.36810.56510.24480.097-0.3946-0.1866-0.1689-0.00260.00550.0229-0.07590.29720.0733-0.0430.13510.04560.3411-39.401-44.62510.988
132.52761.11594.47872.21641.560315.5061-0.34140.8320.3369-0.8915-0.21870.4696-0.0184-0.75450.56010.71670.0277-0.17450.878-0.11040.9829-45.565-56.969-4.933
146.03912.0284-0.93277.76037.789711.85540.06910.3775-0.54060.29820.07660.10650.1766-0.0265-0.14580.4461-0.00730.03570.0465-0.00710.4631-41.344-49.28311.502
150.686-0.41030.03013.35620.88820.88760.0823-0.04960.0854-0.1015-0.16550.1235-0.0307-0.16730.08320.2975-0.02680.0570.1487-0.0260.3259-43.535-19.87616.714
1611.03365.1285-0.242413.2626-3.64861.235-0.1135-0.897-0.07091.07770.2430.2677-0.1055-0.3361-0.12950.8070.10380.21350.4819-0.0820.4979-50.8342.64235.419
171.6901-0.7339-0.82592.4980.34052.468-0.1389-0.2021-0.28220.1150.1585-0.2416-0.10290.2415-0.01960.3531-0.07880.01760.14210.03120.283611.473-32.1740.544
1811.99355.2040.555918.4781-2.6423-1.2211-0.87380.0233-0.0397-0.96280.7837-1.61-0.45910.14150.09010.9886-0.16810.27090.686-0.11320.658825.288-22.82624.651
197.3347-3.2902-3.50358.98880.28951.63160.3328-0.37070.55960.1903-0.173-0.9087-0.30330.3336-0.15980.5829-0.16390.09340.2260.0540.249714.119-24.131.842
200.510.2451-0.22063.18090.3064-0.11020.01430.15680.2756-0.45990.0086-0.1503-0.0723-0.0067-0.02280.6139-0.01650.00190.15790.07320.36025.88-9.44340.917
2110.37612.52221.3094.73641.13731.53790.34120.27950.1732-0.2576-0.1311-1.021-0.61350.2967-0.21010.5733-0.085-0.00140.42850.1420.986721.3935.54739.832
226.2993.9013-2.2654.0736-1.50515.7003-0.04940.1624-0.2017-0.1587-0.1062-0.1123-0.42220.3690.15560.64690.017-0.00980.1513-0.00840.37215.633-3.45842.463
230.87440.6525-0.25413.4909-0.71941.1149-0.0033-0.1141-0.0038-0.1316-0.1004-0.09940.10060.13670.10360.4194-0.00610.02040.23030.03170.32895.373-34.47945.741
245.11612.81811.10497.81475.386114.3867-0.3145-0.61080.5590.805-0.18020.70060.1434-0.45420.49470.83520.06410.1250.3160.21710.4786-5.123-59.18759.527
252.90070.81330.08381.8662-1.30633.67340.07230.4554-0.1635-0.12070.0480.0233-0.183-0.1562-0.12030.4591-0.03590.04370.13-0.03620.19057.03-37.81331.849
2618.5071-12.4446-0.743214.507-10.18677.30580.66921.2488-1.4284-0.6136-1.6234-0.95110.01680.89580.95420.88490.21490.25690.74210.07751.104128.669-44.78328.059
276.4247-1.5264-1.64777.5899-1.80042.3330.23170.8573-0.45-0.9115-0.4694-0.28340.65320.3970.23780.61230.10180.05420.368-0.09090.360216.609-45.05533.786
280.76030.86420.60881.37860.38122.35960.15110.2046-0.19920.18170.0035-0.22990.85640.1231-0.15460.6890.01420.00440.19220.00250.34986.144-60.96835.165
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355.2763-0.25751.95317.5734-2.57731.99930.2178-0.47510.72071.3615-0.4053-0.7319-0.81820.23440.18750.7637-0.20640.05620.2332-0.16930.631314.956-40.2191.467
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383.70666.36770.387313.25041.25150.9819-0.07620.2340.38140.14560.3203-0.3391-0.47290.2345-0.24410.62190.05220.08660.2178-0.05050.68551.264-19.93589.72
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409.07490.8970.39799.29134.321611.734-0.02260.16180.4127-0.0268-0.25230.8755-0.0246-0.99280.27490.3121-0.05460.09750.30640.10980.7867-18.49-75.52790.294
413.93790.502-1.11583.408-0.24383.478-0.13130.4790.1790.1520.2777-0.608-0.10960.1593-0.14650.39150.10830.05040.15060.00840.2811.372-54.03385.749
429.46216.73688.16518.0477-6.242316.59571.04650.8527-0.10970.24650.0598-0.11751.11121.5013-1.10630.73910.2863-0.17250.6628-0.06560.884425.979-60.758102.249
436.19791.2922.61358.0826-1.62661.94820.49830.5412-0.57550.2748-0.4609-1.39440.16990.6834-0.03740.49640.1025-0.1030.3288-0.10550.4114.78-61.15794.994
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4532.501913.3225-7.477722.563317.659421.5661-0.74845.8429-0.28331.91193.2786-3.0141.6423.3563-2.53020.87790.4595-0.61091.27470.57112.307820.019-89.21387.911
4612.092-1.74412.51647.8796-4.43858.7630.0012-0.3831-0.5362-0.3481-0.0571-0.92640.1510.29520.05590.55560.08140.02690.0797-0.07090.43698.609-83.01585.724
470.8313-0.2958-0.14333.509-0.25020.41560.07460.19260.0411-0.0758-0.0366-0.2839-0.1096-0.0474-0.0380.44540.09260.07760.210.02280.29215.094-52.74580.413
486.1042-4.004-1.574514.15495.13685.5715-0.03310.60980.0831-1.1699-0.05451.2396-0.3482-0.48740.08760.82870.0854-0.06930.57830.17720.3674-7.824-30.29164.949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4A171 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5A226 - 281
6X-RAY DIFFRACTION6A282 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7A319 - 420
8X-RAY DIFFRACTION8A421 - 474
9X-RAY DIFFRACTION9B47 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10B96 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11B119 - 171
12X-RAY DIFFRACTION12B172 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13B226 - 284
14X-RAY DIFFRACTION14B285 - 318
15X-RAY DIFFRACTION15B319 - 420
16X-RAY DIFFRACTION16B421 - 474
17X-RAY DIFFRACTION17C47 - 95
18X-RAY DIFFRACTION18C96 - 118
19X-RAY DIFFRACTION19C119 - 170
20X-RAY DIFFRACTION20C171 - 219
21X-RAY DIFFRACTION21C226 - 281
22X-RAY DIFFRACTION22C282 - 318
23X-RAY DIFFRACTION23C319 - 420
24X-RAY DIFFRACTION24C421 - 474
25X-RAY DIFFRACTION25D47 - 95
26X-RAY DIFFRACTION26D96 - 118
27X-RAY DIFFRACTION27D119 - 170
28X-RAY DIFFRACTION28D171 - 219
29X-RAY DIFFRACTION29D226 - 278
30X-RAY DIFFRACTION30D282 - 318
31X-RAY DIFFRACTION31D319 - 420
32X-RAY DIFFRACTION32D421 - 474
33X-RAY DIFFRACTION33E47 - 95
34X-RAY DIFFRACTION34E96 - 118
35X-RAY DIFFRACTION35E119 - 170
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45X-RAY DIFFRACTION45F226 - 278
46X-RAY DIFFRACTION46F282 - 318
47X-RAY DIFFRACTION47F319 - 420
48X-RAY DIFFRACTION48F421 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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