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- PDB-3hqc: Crystal structure of Phosphotyrosine-binding domain from the Huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqc
タイトルCrystal structure of Phosphotyrosine-binding domain from the Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase (TENC1)
要素Tensin-like C1 domain-containing phosphatase
キーワードHYDROLASE / Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase / TENC1 / Phosphotyrosine Binding Domain / PTB / TNS2 / KIAA1075 / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Cell junction / Cell membrane / Membrane / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Protein phosphatase / SH2 domain / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organismal-level homeostasis / collagen metabolic process / cellular homeostasis / response to muscle activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity ...multicellular organismal-level homeostasis / collagen metabolic process / cellular homeostasis / response to muscle activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / kidney development / multicellular organism growth / kinase binding / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / lipid binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tensin, phosphotyrosine-binding domain / Tensin-like, SH2 domain / : / Tensin/EPS8 phosphotyrosine-binding domain / Phosphotyrosine-binding domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. ...Tensin, phosphotyrosine-binding domain / Tensin-like, SH2 domain / : / Tensin/EPS8 phosphotyrosine-binding domain / Phosphotyrosine-binding domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / C1-like domain superfamily / PH-domain like / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tensin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Do, J. / Dickey, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Klemke, R. / Atwell, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Do, J. / Dickey, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Klemke, R. / Atwell, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Phosphotyrosine-binding domain from the Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase (TENC1)
著者: Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Do, J. / Dickey, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Klemke, R. / Atwell, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K.
履歴
登録2009年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tensin-like C1 domain-containing phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8097
ポリマ－17,3101
非ポリマー4986
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.909, 108.909, 36.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Tensin-like C1 domain-containing phosphatase / TENC1 / C1 domain-containing phosphatase and tensin homolog / C1-TEN / Tensin-2


分子量: 17310.248 Da / 分子数: 1
断片: Phosphotyrosine Binding Domain, PTB, residues 1264-1409
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1075, TENC1, TNS2 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL
参照: UniProt: Q63HR2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100mM Sodium Acetate pH 4 + 2% Glycerol + 2000mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.14 Å / Num. obs: 23089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 25.92 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3337 / Rsym value: 0.637 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly-Alanine model of the PDB entry 1WVH

1wvh


解像度: 1.8→26.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: There are residual postive electron density features which could not be assigned unambigously as protein or buffer components.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1182 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 23037 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.88 Å2 / Biso mean: 33.104 Å2 / Biso min: 17.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 0 29 79 1148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9591640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8631864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69624.04347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7415173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.098156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1861.5818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2441.5295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80421238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1263456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2164.5385
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 81 -
Rwork0.314 1601 -
all-1682 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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