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万見
- PDB-3hq9: CcpA from G. sulfurreducens, S134P variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hq9
タイトルCcpA from G. sulfurreducens, S134P variant
要素Cytochrome c551 peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome c Peroxidase / Peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / OXALATE ION / Cytochrome c peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Hoffmann, M. / Seidel, J. / Einsle, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: CcpA from Geobacter sulfurreducens is a basic di-heme cytochrome c peroxidase.
著者: Hoffmann, M. / Seidel, J. / Einsle, O.
履歴
登録2009年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c551 peroxidase
B: Cytochrome c551 peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,23718
ポリマ－73,8832
非ポリマー3,35516
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11420 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.899, 55.473, 68.606
Angle α, β, γ (deg.)104.71, 99.39, 108.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 130
2116B1 - 130
1216A138 - 999
2216B138 - 999

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c551 peroxidase


分子量: 36941.270 Da / 分子数: 2 / 変異: S134P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
遺伝子: ccpA, ccpA-2, GSU2813 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q749D0, cytochrome-c peroxidase

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非ポリマー , 6種, 557分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#6: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→90 Å / Num. obs: 86506 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 18

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0072 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HQ6

3hq6


解像度: 1.52→63.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.602 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18379 4560 5 %RANDOM
Rwork0.16018 ---
obs0.16135 86506 90.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20.54 Å2-0.69 Å2
2--0.7 Å20.61 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→63.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4651 0 230 541 5422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2082.0826912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86938155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6265623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64124.715193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.90215753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6031.53092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1531.51249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09324964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74631954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7674.51943
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3854 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ALOOSE POSITIONAL0.315
BLOOSE THERMAL2.710
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 193 -
Rwork0.235 3947 -
obs--55.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6436-0.0790.25540.3397-0.15620.65710.02550.04990.0245-0.0938-0.0633-0.0353-0.06120.0230.03770.0490.02020.00870.01490.00430.0106-7.69387.6867-12.3407
20.2647-0.08190.20830.28120.02770.47630.0223-0.0538-0.0536-0.0317-0.0196-0.00560.0291-0.0127-0.00270.0119-0.00510.00920.02930.01220.03298.3735-7.435413.8111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 345
2X-RAY DIFFRACTION1A346 - 402
3X-RAY DIFFRACTION1A351 - 597
4X-RAY DIFFRACTION2B21 - 345
5X-RAY DIFFRACTION2B346 - 402
6X-RAY DIFFRACTION2B351 - 650

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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