PDB-3hpr: Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hpr

タイトル

Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Enzyme Inhibitor Complex (酵素阻害剤) / ATP-binding /

Kinase (キナーゼ) / Nucleotide biosynthesis / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity /

UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process /

adenylate kinase /

adenylate kinase activity / AMP salvage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hilser, V.J. / Travis, T.P. / Bolen, D.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Rational modulation of conformational fluctuations in adenylate kinase reveals a local unfolding mechanism for allostery and functional adaptation in proteins.
著者: Schrank, T.P. / Bolen, D.W. / Hilser, V.J.

履歴

登録	2009年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hpr.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hpr.ent.gz	152.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3hpqC 1akeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2eck-1 1ake-1 1ank-2 4jzk-1 4x8l-2 4x8o-2 5eje-2 3hpq-2 6ham-d 4jzk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.472, 72.621, 78.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-345- HOH

#1: タンパク質	Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 23577.949 Da / 分子数: 2 / 変異: V148G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: adk, b0474, dnaW, JW0463, plsA / プラスミド: pEAK91v148g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap₅A 分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₁₀O₂₂P₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 7.0-7.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32187 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 41.59
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 10.32 / Num. unique all: 3144 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1AKE

1ake

解像度: 2→14.994 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: anisotropic (tls) / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2432	3244	10.17 %	RANDOM
R_work	0.2062	-	-	-
obs	0.21	31913	97.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 84.852 Å² / k_sol: 0.422 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.2622 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.0845 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.1777 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→14.994 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	114	381	3801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.071

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0298	0.3112	141	0.2434	1206	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0298-2.0615	0.2866	133	0.2432	1212	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0615-2.0952	0.3621	140	0.2431	1233	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0952-2.1312	0.2961	131	0.2406	1199	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1312-2.1698	0.2776	139	0.23	1217	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1698-2.2114	0.2817	117	0.2112	1232	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2114-2.2564	0.221	141	0.2078	1234	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2564-2.3053	0.241	140	0.2107	1228	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3053-2.3588	0.2786	144	0.2093	1193	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3588-2.4175	0.2827	122	0.215	1244	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4175-2.4826	0.2578	143	0.2104	1225	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4826-2.5553	0.2917	126	0.2219	1262	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5553-2.6373	0.2699	167	0.2227	1206	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6373-2.7311	0.3081	136	0.2222	1250	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7311-2.8397	0.2338	159	0.2308	1233	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8397-2.968	0.2969	163	0.2213	1232	X-RAY DIFFRACTION	98
2.968-3.1231	0.2859	128	0.2241	1268	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1231-3.3168	0.2358	134	0.1986	1278	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3168-3.5697	0.227	144	0.188	1283	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5697-3.9231	0.1867	141	0.1741	1256	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9231-4.4775	0.1907	160	0.1674	1266	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4775-5.5921	0.204	144	0.1776	1339	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5921-14.994	0.2037	151	0.2065	1373	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1725	0.9876	0.4871	2.9724	-0.5026	0.1788	0.1334	0.1006	-0.0621	0.572	-0.0001	0.1315	-0.1219	-0.0498	0.0721	0.1311	-0.0112	0.0344	0.1822	0.0045	0.1689	13.2868	15.6233	8.9369
2	-0.2714	-0.912	0.0408	1.203	-0.2851	0.6838	0.0785	-0.1148	0.1431	0.6188	0.0196	-0.2706	-0.0214	0.0183	-0.015	0.1753	-0.0216	0.0172	0.1926	-0.0402	0.1686	19.6773	7.0723	12.5648
3	0.2033	-0.287	-0.1119	0.3551	-0.2082	0.2693	0.0421	-0.1096	-0.0068	-0.226	-0.1112	-0.2388	0.1563	0.3036	0.0055	0.0698	-0.002	-0.0182	0.1739	-0.0174	0.2085	28.6225	1.0875	1.1203
4	0.2677	-0.0852	0.2938	0.299	-0.024	0.4732	0.0084	0.1255	-0.093	0.2941	-0.0139	-0.0755	-0.0206	-0.2299	-0.0222	0.1331	0.0091	0.0241	0.1407	0.0128	0.2529	15.5951	-1.6024	7.1828
5	0.7967	-0.4951	0.7719	0.778	0.0204	0.6559	0.0191	-0.1664	-0.0818	0.2051	-0.005	0.2498	-0.0513	0.0443	-0.0452	0.0942	-0.0351	0.0477	0.165	-0.0079	0.267	8.655	7.518	4.4946
6	-0.0457	-0.5531	0.0459	1.0728	-0.0662	0.6926	-0.0427	0.0057	0.0437	0.2692	-0.013	0.0396	0.063	0.0046	0.0264	0.1686	-0.0218	-0.0287	0.1901	0.0025	0.1749	28.4417	19.7461	11.1887
7	0.0433	0.1259	0.1385	4.605	0.6801	0.5714	0.2129	0.4926	0.2918	-0.5554	0.1734	-0.3238	-0.3707	1.047	0.0083	0.1672	-0.0154	0.0925	0.3439	-0.0302	0.2508	32.0328	16.0043	-4.7081
8	0.1058	-0.2198	0.363	0.3797	-0.6158	-0.0186	-0.0724	0.2137	-0.0353	-0.2962	0.045	0.1513	0.065	-0.0929	-0.0146	0.1315	-0.0138	-0.0453	0.1506	-0.0099	0.1953	15.3337	12.1599	-6.2447
9	0.3741	1.0836	0.5332	1.015	0.2524	0.2946	-0.2383	0.0875	0.2735	-0.2774	0.1723	0.4093	-0.1844	-0.0463	-0.1356	0.0586	-0.0046	-0.0189	0.1392	0.0218	0.3192	4.0786	17.9776	-0.0118
10	0.2318	-0.0496	-0.2505	1.1356	-0.7052	0.5367	-0.0076	-0.3499	0.3009	0.9208	0.0037	0.2994	-0.4341	-0.1493	-0.044	0.2396	0.0288	0.0967	0.226	0.0094	0.2441	9.0814	25.6588	11.4395
11	0.2325	-0.0188	-0.011	0.0112	-0.1012	0.0207	-0.0708	-0.0912	0.1585	0.5135	-0.0511	0.2123	-0.0789	-0.018	0.0345	0.5131	-0.0141	-0.0191	0.1758	-0.012	0.1534	31.0966	16.7902	43.7683
12	-0.0879	0.1244	0.0189	0.4949	-0.1152	-0.4992	-0.1276	0.2483	0.1618	0.6445	-0.0019	0.065	-0.3182	0.2528	0.0261	0.5573	0.0191	-0.0428	0.2879	0.0241	0.0719	26.3628	25.734	50.3346
13	-0.0775	0.0535	-0.1219	0.2132	-0.3903	0.5535	0.0005	0.0736	0.0422	-0.0017	0.1667	0.1099	-0.377	-0.1411	0.0067	0.4949	0.0764	-0.013	0.2138	0.0226	0.1553	17.7361	31.9816	41.3646
14	0.0902	-0.0593	-0.0398	0.1391	-0.1333	-0.1045	0.1672	-0.5232	0.4744	1.1634	0.1886	-0.1218	-0.7577	0.4427	0.06	0.7174	-0.014	-0.1061	0.3608	-0.0532	0.2721	34.3307	33.1118	49.7288
15	0.4819	-0.3726	-0.2904	0.2125	0.1005	0.1221	0.1533	-0.0492	-0.1068	-0.1415	-0.0641	-0.3951	-0.2481	0.2339	0.05	0.6597	-0.0605	-0.0158	0.2229	0.022	0.1864	32.1115	27.6294	39.2727
16	-0.2301	-0.3015	0.2849	0.5761	-0.0433	0.6195	-0.0369	-0.0403	0.0738	0.0898	0.0015	0.079	-0.2019	-0.0407	0.0138	0.5305	-0.02	-0.0139	0.1978	-0.0072	0.1473	25.0887	15.852	43.037
17	0.21	-0.1192	-0.07	0.2277	-0.262	0.2111	-0.1844	-0.0952	-0.059	-0.046	0.0335	-0.1756	0.2733	0.5175	-0.0213	0.323	0.003	0.0535	0.2297	0.0089	0.207	19.525	7.5079	57.0375
18	0.3751	-0.0395	-0.5709	0.3668	-0.1591	0.1725	-0.2998	-0.2986	0.1149	-0.1891	0.1235	-0.1034	-0.9903	-0.3241	-0.001	0.3984	0.0459	-0.0306	0.1608	0.0138	0.1382	15.3563	17.5059	54.7066
19	-0.05	0.1756	0.0161	0.6742	0.0392	0.6726	-0.1462	0.1365	-0.1455	-0.0614	0.0278	0.1126	-0.0805	-0.0094	0.0193	0.5075	0.003	-0.0478	0.2187	-0.012	0.179	25.5934	19.8006	32.0847
20	0.4219	-0.3098	-0.0282	0.2137	-0.0833	0.0473	-0.0575	-0.2487	-0.283	0.2891	0.1749	-0.2172	0.0721	0.349	0.0334	0.4813	-0.004	-0.0028	0.2632	-0.0562	0.2379	34.6785	6.9796	42.5843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 22:43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 44:58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 59:75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 76:111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 112:159
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 160:166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 167:183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 184:200
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 201:214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 1:20
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 21:44
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 45:68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resid 69:77
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 78:96
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 97:135
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and resid 136:147
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain B and resid 148:159
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain B and resid 160:193
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain B and resid 194:214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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