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万見
- PDB-3hpc: Crystal structure of SNX5-PX domain in P21 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hpc
タイトルCrystal structure of SNX5-PX domain in P21 space group
要素Snx5 protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Sprting nexin / SNX5 / Phox / SNX5-PX / PhosphatidylInositol / PI(4 / 5)P2 / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / retromer complex / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / retromer complex / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / brush border / dynactin binding / phagocytic cup / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / ruffle / negative regulation of blood pressure / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / endosome / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain / Phox homology ...SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Koharudin, L.M.I. / Furey, W. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Phox domain of sorting nexin 5 lacks ptdins(3)p specificity and preferentially binds to ptdins(4,5)P2
著者: Koharudin, L.M.I. / Furey, W. / Liu, H. / Liu, Y.-J. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Snx5 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5442
ポリマ－18,5091
非ポリマー351
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.598, 41.424, 47.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Snx5 protein


分子量: 18508.824 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 20-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snx5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1H267
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ORIGINAL CONSTRUCT CONTAINED RESIDUES 1-180. THE FINAL CRYSTALLIZED PROTEIN CONSTRUCT SPANS ...THE ORIGINAL CONSTRUCT CONTAINED RESIDUES 1-180. THE FINAL CRYSTALLIZED PROTEIN CONSTRUCT SPANS FROM RESIDUES 20 TO 180 DUE TO NON-SPECIFIC CLEAVAGE BY THROMBIN PROTEASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.300956 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.543972 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: The protein solution in the final superdex-75 buffer (20 mM Tris.HCl, 100 mM NaCl, 0.02% NaN3, pH 8.0) was concentrated to 8 mg/ml and crystallization were obtained using an optimized ...詳細: The protein solution in the final superdex-75 buffer (20 mM Tris.HCl, 100 mM NaCl, 0.02% NaN3, pH 8.0) was concentrated to 8 mg/ml and crystallization were obtained using an optimized crystallization condition of 8ul of protein vs 1ul of reservoir solution (0.2M NH4CH3COO, 0.1M Sodium cacodylate tryhydrate pH 6.5, 30% PEG 4000), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→31.12 Å / Num. obs: 28322 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.13 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 2.65 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HPB

3hpb


解像度: 1.47→31.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.265 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1440 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 26873 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.61 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→31.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1323 0 1 238 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.9641863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7395173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.1325.38565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85615240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.311155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8271.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.04721387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5673524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0364.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.33431362
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.9523252
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.58431323
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 103 -
Rwork0.421 1753 -
obs--88.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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