ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Blu-Ice | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Bacillus subtilis carboxypeptidase 解像度: 2.1→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 132243.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.251 | 6100 | 10.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.218 | - | - | - |
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all | 0.223 | 60029 | - | - |
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obs | 0.223 | 60029 | 96.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7339 Å2 / ksol: 0.380191 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.47 Å2 | 0 Å2 | 2.22 Å2 |
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2- | - | -1.92 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.44 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.31 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.28 Å | 0.31 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.98 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 8216 | 0 | 6 | 467 | 8689 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d19.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.82 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.23 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.78 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.02 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.275 | 973 | 10 % |
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Rwork | 0.218 | 8712 | - |
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obs | - | - | 94.2 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | glycerol.param | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.param | | | | |
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