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- PDB-3hoa: Crystal structure of the Thermus thermophilus M32 carboxypeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hoa
タイトルCrystal structure of the Thermus thermophilus M32 carboxypeptidase
要素Thermostable carboxypeptidase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / proline-rich loop / Carboxypeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase Taq / metallocarboxypeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M32, carboxypeptidase Taq / Carboxypeptidase Taq (M32) metallopeptidase / Neurolysin; domain 3 - #30 / Neurolysin; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal-dependent carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lee, M.M. / Chan, M.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Insight into the substrate length restriction of M32 carboxypeptidases: Characterization of two distinct subfamilies.
著者: Lee, M.M. / Isaza, C.E. / White, J.D. / Chen, R.P. / Liang, G.F. / He, H.T. / Chan, S.I. / Chan, M.K.
履歴
登録2009年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年3月31日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_site
Item: _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.pdbx_redundancy ..._reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable carboxypeptidase 1
B: Thermostable carboxypeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1553
ポリマ－116,0632
非ポリマー921
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area40970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.610, 84.330, 109.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thermostable carboxypeptidase 1


分子量: 58031.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB27 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1715 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q72GY3, carboxypeptidase Taq
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M Na-citrate pH 4.0, 8% w/v PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月10日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focusing
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.7 Å / Num. all: 60029 / Num. obs: 60029 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.417 % / Biso Wilson estimate: 2.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 8712 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Bacillus subtilis carboxypeptidase

解像度: 2.1→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 132243.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 6100 10.2 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.223 60029 --
obs0.223 60029 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7339 Å2 / ksol: 0.380191 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å22.22 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3---0.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8216 0 6 467 8689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 973 10 %
Rwork0.218 8712 -
obs--94.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2glycerol.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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