PDB-3ho6: Structure-function analysis of inositol hexakisphosphate-induced ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ho6

タイトル

Structure-function analysis of inositol hexakisphosphate-induced autoprocessing in clostridium difficile toxin A

要素

Toxin A

キーワード

TOXIN / inositol phosphate / Enterotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pruitt, R.N. / Lacy, D.B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-function analysis of inositol hexakisphosphate-induced autoprocessing in Clostridium difficile toxin A.
著者: Pruitt, R.N. / Chagot, B. / Cover, M. / Chazin, W.J. / Spiller, B. / Lacy, D.B.

履歴

登録	2009年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年10月14日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	4tzs-2 4oze-2 2y89-d 2gzx-2 5jn9-2 3tb5-1 6oum-d 1ugg-d 2y62-d 5cxx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (4)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
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#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
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#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxin A

B: Toxin A

ヘテロ分子

61.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Toxin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Toxin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.312, 43.500, 94.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Toxin A 分子量: 30211.922 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 543-809 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 遺伝子: tcdA, toxA / プラスミド: pET27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21.DE3 / 参照: UniProt: P16154
#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris, 25-30 % PEG 8000, and 200 mM guanadinium chloride, pH 8-9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K PH範囲: 8-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9784 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2008年11月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 70828 / Num. obs: 68137 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.268 / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SHARP	位相決定
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→31.502 Å / SU ML: 0.55 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	3440	5.05 %
R_work	0.1651	-	-
obs	0.1668	68090	95.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.621 Å² / k_sol: 0.404 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7975	0	84	648	8707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	14761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.854	2180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6177	0.3024	94	0.2358	1745	X-RAY DIFFRACTION	65
1.6177-1.6408	0.2703	117	0.2219	2356	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6408-1.6653	0.2	141	0.216	2416	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6653-1.6913	0.2626	139	0.2122	2485	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6913-1.719	0.224	136	0.2028	2567	X-RAY DIFFRACTION	95
1.719-1.7486	0.2447	129	0.1872	2599	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7486-1.7804	0.2266	135	0.1729	2578	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7804-1.8147	0.2004	148	0.1718	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8147-1.8517	0.2037	138	0.169	2603	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8517-1.892	0.1762	129	0.1628	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
1.892-1.936	0.2112	134	0.1614	2610	X-RAY DIFFRACTION	98
1.936-1.9844	0.2174	143	0.1645	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9844-2.038	0.2229	156	0.165	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.038-2.098	0.2013	134	0.1597	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
2.098-2.1657	0.1953	145	0.1599	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1657-2.2431	0.1818	165	0.1647	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2431-2.3329	0.2296	129	0.1577	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3329-2.439	0.1935	149	0.1555	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.439-2.5675	0.2048	121	0.1587	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5675-2.7283	0.2296	133	0.1643	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7283-2.9388	0.1876	141	0.1617	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9388-3.2343	0.1999	152	0.1606	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2343-3.7017	0.1651	158	0.1433	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7017-4.6613	0.1606	144	0.136	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6613-31.508	0.1902	130	0.165	2727	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2182	-1.1709	-2.2446	0.5847	0.4774	0.5179	0.3161	-0.2335	0.2639	0.249	-0.2502	0.0059	-0.1151	-0.577	0.0274	0.2987	0.1309	0.04	0.5277	0.0472	0.3754	50.803	22.2999	18.7084
2	0.9503	0.1301	-0.4373	0.9805	0.1911	2.2255	0.0321	0.0523	0.1068	-0.1662	0.0452	-0.0909	-0.2313	0.0875	-0.0782	0.212	0.0078	0.0345	0.1449	0	0.1875	68.2723	12.8684	12.9951
3	-0.2562	-0.9494	0.278	2.071	-0.5916	1.5248	-0.2739	0.0176	-0.0015	0.6135	0.265	-0.0237	-0.4389	-0.0791	-0.0671	1.154	0.4215	0.199	0.5241	0.145	0.5317	51.9071	14.0602	34.1918
4	0.8451	0.6328	0.2761	0.3981	-1.1951	1.4331	-0.1396	0.0075	-0.1721	-0.0691	0.0834	0.1253	0.3033	-0.2639	0.01	0.212	-0.0054	-0.0037	0.1686	-0.0062	0.2049	56.1299	1.606	19.7301
5	-0.4155	-0.4641	-0.5298	-0.0193	-1.1841	-0.9732	-0.2589	0.1922	-0.1096	-0.3913	-0.2153	-0.1888	0.547	0.0832	0.4148	0.3986	0.1077	0.0724	0.173	0.0195	0.2567	73.028	-5.3881	17.248
6	0.6914	0.1638	-0.0689	0.6521	-0.3029	1.7797	-0.0049	-0.0751	-0.1116	0.0775	0.0199	-0.0632	0.1122	0.0582	-0.0025	0.2132	0.0404	0.0092	0.1213	0.015	0.1678	65.0448	5.5852	31.1455
7	0.4753	-0.0862	0.0522	3.1193	0.0655	0.1504	-0.0015	-0.0646	-0.1846	0.639	0.0253	-0.2704	0.2134	0.1244	-0.004	0.3654	0.0309	-0.0395	0.1604	0.0279	0.2175	67.6562	-4.8917	36.6464
8	-0.9286	0.2675	0.3882	1.1337	0.6253	1.1211	-0.1466	-0.1977	-0.1781	-0.0353	0.0769	0.3167	0.3604	-0.8113	0.0126	0.2854	-0.1746	0.0758	0.5298	0.0783	0.4417	18.4694	9.0671	32.5847
9	0.5429	-0.3501	-0.9081	1.473	-0.2601	1.7294	-0.0319	-0.1262	0.0509	0.1782	0.1224	0.0035	0.0188	0.049	-0.0862	0.1677	0.017	0.0015	0.2547	0.0135	0.1736	30.7868	17.973	30.7095
10	-1.3002	-0.4126	-0.9617	2.1201	-0.5083	3.3709	-0.0769	0.2337	0.2986	0.212	0.4036	0.698	-0.2688	-0.8459	-0.3097	0.1672	0.0547	0.0502	0.4103	0.0966	0.2997	21.0776	21.8492	28.4345
11	0.8282	-0.5404	-1.2029	1.6592	-0.5687	2.6565	0.0971	0.2784	0.1092	-0.0421	0.078	0.2161	-0.301	-0.4481	-0.1567	0.187	0.0549	-0.0084	0.309	0.0606	0.2526	24.4265	24.2283	20.8567
12	1.0845	-0.8873	-0.0896	1.4823	0.0327	1.8794	0.3925	0.5517	-0.2047	-0.5878	-0.3715	0.2998	0.4082	-0.6884	-0.0492	0.3486	-0.01	-0.1288	0.4423	-0.0172	0.2035	25.4081	10.25	5.3387
13	2.8781	-0.8421	1.2076	2.0081	2.8536	1.2205	0.4613	0.6143	-0.0575	-1.0825	0.1191	0.0993	-0.58	-0.0196	-0.244	0.625	0.1832	-0.0759	0.4389	0.1753	0.2937	23.433	30.0839	6.4406
14	0.3172	-0.0731	0.4899	0.9	-0.601	1.0854	0.0066	0.0816	-0.0428	-0.2605	0.0908	0.0087	-0.0181	-0.0694	-0.0746	0.2386	0.0322	-0.0325	0.2553	0.0025	0.1674	36.8799	11.1191	11.0039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:10)	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 11:113)	A	11 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 114:117)	A	114 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 118:145)	A	118 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 146:150)	A	146 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 151:238)	A	151 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 239:259)	A	239 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 6:14)	B	6 - 14
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 15:62)	B	15 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 63:77)	B	63 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 78:157)	B	78 - 157
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 158:179)	B	158 - 179
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 180:192)	B	180 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 193:261)	B	193 - 261

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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