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- PDB-3hni: Crystal structure of the Zn-induced tetramer of the engineered cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hni
タイトルCrystal structure of the Zn-induced tetramer of the engineered cyt cb562 variant RIDC-1
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Brodin, J. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Metal templated design of protein interfaces.
著者: Salgado, E.N. / Ambroggio, X.I. / Brodin, J.D. / Lewis, R.A. / Kuhlman, B. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2009年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,04824
ポリマ－93,5938
非ポリマー5,45516
水2,468137
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,52412
ポリマ－46,7964
非ポリマー2,7288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
2
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,52412
ポリマ－46,7964
非ポリマー2,7288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10560 Å2
ΔGint-265 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.208, 87.935, 152.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11699.084 Da / 分子数: 8 / 変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, D66W, V69I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, 30% Jeffamine ED-2001, 1.5 mM zinc chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月23日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45.74 Å / Num. all: 32669 / Num. obs: 32114 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. measured all: 8350 / Num. unique all: 4497 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QLA

2qla


解像度: 2.35→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.747 / SU B: 18.837 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.219 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2296 7.2 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.229 32072 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.38 Å2 / Biso mean: 32.045 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 0 352 137 7033
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2832.0879770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6365840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.75426.486333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.843151173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9131516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.23610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2830.24812
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.080.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3841.54359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71926751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42633225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1384.53003
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A424TIGHT POSITIONAL0.050.05
B424TIGHT POSITIONAL0.060.05
C424TIGHT POSITIONAL0.040.05
D424TIGHT POSITIONAL0.050.05
E424TIGHT POSITIONAL0.050.05
F424TIGHT POSITIONAL0.050.05
G424TIGHT POSITIONAL0.040.05
H424TIGHT POSITIONAL0.050.05
A376LOOSE POSITIONAL0.675
B376LOOSE POSITIONAL0.635
C376LOOSE POSITIONAL0.675
D376LOOSE POSITIONAL0.625
E376LOOSE POSITIONAL0.745
F376LOOSE POSITIONAL0.785
G376LOOSE POSITIONAL0.685
H376LOOSE POSITIONAL0.725
A424TIGHT THERMAL0.070.5
B424TIGHT THERMAL0.080.5
C424TIGHT THERMAL0.060.5
D424TIGHT THERMAL0.080.5
E424TIGHT THERMAL0.080.5
F424TIGHT THERMAL0.080.5
G424TIGHT THERMAL0.070.5
H424TIGHT THERMAL0.080.5
A376LOOSE THERMAL1.1710
B376LOOSE THERMAL1.5810
C376LOOSE THERMAL1.2910
D376LOOSE THERMAL1.3710
E376LOOSE THERMAL1.3410
F376LOOSE THERMAL1.510
G376LOOSE THERMAL1.310
H376LOOSE THERMAL1.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 154 -
Rwork0.295 2103 -
all-2257 -
obs--94.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55350.4130.17928.5230.99563.51010.1656-0.3447-0.16610.1568-0.2652-0.2547-0.04970.01020.0996-0.1363-0.0815-0.0103-0.02460.0377-0.1533-23.96321.232-4.269
23.3061-1.17360.19827.79620.47721.43310.0933-0.0634-0.2735-0.2786-0.0927-0.32180.12310.2532-0.0006-0.1714-0.00590.0294-0.06090.0591-0.14-7.57222.139-20.037
33.3681-0.0007-1.15075.8397-0.89085.69930.27940.5445-0.1362-0.0663-0.17730.2134-0.4292-0.4391-0.1022-0.00250.1293-0.04160.0288-0.0766-0.1757-21.75519.31-33.881
44.10671.3381-0.30134.4086-0.64292.34020.0680.054-0.23580.0381-0.05650.20520.2587-0.3969-0.0115-0.1887-0.0258-0.0325-0.0269-0.0531-0.1237-37.00525.923-18.556
50.98710.5512-0.0146.70252.13833.31110.02370.25380.1111-0.1889-0.0892-0.3027-0.2638-0.08230.0655-0.0940.0614-0.0034-0.04620.0303-0.13554.26220.95-72.126
63.8434-1.97260.61964.936-0.76872.32370.0673-0.06730.2178-0.0999-0.08370.1484-0.223-0.29890.0164-0.19080.0220.0367-0.0223-0.0533-0.143-8.416.38-57.525
72.46730.0838-0.05034.34790.09244.75010.2211-0.39950.04370.1889-0.21280.23390.1846-0.2272-0.0082-0.0146-0.1190.01710.0179-0.0466-0.1447.00223.164-42.451
83.48730.7743-0.93427.2777-0.49951.6910.0505-0.15240.22070.2717-0.1051-0.334-0.27570.29720.0545-0.1518-0.0108-0.0373-0.05830.0448-0.136321.03420.257-56.404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 106

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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