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万見
- PDB-3hm9: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute complexed with DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hm9
タイトルCrystal structure of T. thermophilus Argonaute complexed with DNA guide strand and 19-nt RNA target strand
要素
  • 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
  • Argonaute
キーワードNucleic Acid Binding Protein/DNA/RNA / argonaute / protein-DNA-RNA complex / Nucleic Acid Binding Protein-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain ...paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang, Y. / Li, H. / Sheng, G. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes.
著者: Wang, Y. / Juranek, S. / Li, H. / Sheng, G. / Wardle, G.S. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute
X: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
Y: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3085
ポリマ－89,2603
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.916, 111.916, 175.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Argonaute


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TT_P0026 / プラスミド: PET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'


分子量: 5942.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM MgCl2, 1.0 M Na tartrate, 50 mM Tris.HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 308 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 17434 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -1 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1128 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 60.16 / SU ML: 0.466 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.549 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 871 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 17255 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.24 Å2 / Biso mean: 58.365 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4631 606 2 0 5239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3982.1057510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.185649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40721.294170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.48415627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3271547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.321.53247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64525003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03632174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7464.52507
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 65 -
Rwork0.281 1161 -
all-1226 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1654-2.0858-0.64444.63750.62220.2793-0.5221-0.72310.91531.29810.6524-0.21570.17950.4573-0.13030.97570.123-0.23531.3049-0.06070.9642-27.508736.353515.7265
21.6027-1.0922-2.2334.752-3.678910.708-0.34410.1211-0.03030.08270.43950.72150.6467-1.2636-0.09540.28310.1028-0.03651.0326-0.07490.8915-34.518718.472712.2599
31.43851.2719-1.18481.2137-1.02321.00470.03371.17450.31040.65110.58970.3991-0.0478-0.9217-0.62332.2491-0.33060.42482.7312-0.38691.999-47.448413.470539.6774
43.6551-2.35471.1823.6171-1.74631.53920.03880.5608-0.1284-0.66440.0580.54770.7735-0.2409-0.09680.6983-0.09540.02241.0234-0.07070.4931-21.52849.96684.9847
51.84891.6143-0.28644.5555-1.58153.3111-0.17650.3695-0.4227-0.35180.1241-0.33370.6434-0.00770.05240.35090.15490.12190.2596-0.06350.4527-8.2283-9.501432.1802
61.47610.5358-0.53962.9772-0.39674.5856-0.0270.599-0.1923-0.34840.047-0.12830.08130.0097-0.01990.2090.14050.13750.3678-0.00090.2884-4.9888.428421.1011
76.7644-2.73851.18893.3307-3.41164.2813-0.39480.48160.5282-0.13490.7520.40120.3979-1.2688-0.35720.505-0.0078-0.02340.69310.05720.7606-23.8775-0.197521.0311
817.1831-2.2448-0.07630.78451.1442.7196-0.20.38841.4018-0.0657-0.33670.1577-0.1795-0.7040.53670.68670.23460.03580.7543-0.00650.9597-22.225721.245929.9138
912.64020.1798-10.35222.5595.627921.6588-0.51661.23051.3857-0.69070.03230.8447-1.183-0.68830.48440.5028-0.0869-0.17560.8734-0.07670.8128-20.139118.118523.733
106.278-2.77483.24575.42754.577410.72560.43130.1867-0.2194-0.1093-0.76660.68820.643-1.33760.33520.8916-0.3046-0.01420.95620.13510.6261-27.8356-1.740720.6488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2A136 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3A181 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4A263 - 330
5X-RAY DIFFRACTION5A331 - 521
6X-RAY DIFFRACTION6A522 - 685
7X-RAY DIFFRACTION7X1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION8X10 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9Y6 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10Y11 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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