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- PDB-3hm7: Crystal structure of allantoinase from Bacillus halodurans C-125 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hm7
タイトルCrystal structure of allantoinase from Bacillus halodurans C-125
要素Allantoinase
キーワードHYDROLASE / ALLANTOINASE / METALLO-DEPENDENT HYDROLASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / STRUCTURAL GENOMICS / DNA-BINDING / Metal-binding / Purine metabolism / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase / allantoinase activity / allantoin catabolic process / cobalt ion binding / purine nucleobase metabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Allantoinase / : / Dihydroorotase, conserved site / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases ...: / Allantoinase / : / Dihydroorotase, conserved site / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Romero, R. / Rutter, M. / Miller, S. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Raushel, F.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York Structural GenomiX Research Consortium (NYSGXRC) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Allantoinase from Bacillus Halodurans
著者: Patskovsky, Y. / Romero, R. / Rutter, M. / Miller, S. / Raushel, F.M. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allantoinase
B: Allantoinase
C: Allantoinase
D: Allantoinase
E: Allantoinase
F: Allantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,30312
ポリマ－298,9116
非ポリマー3926
水6,684371
1
A: Allantoinase
B: Allantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7684
ポリマ－99,6372
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
2
C: Allantoinase
ヘテロ分子

D: Allantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7684
ポリマ－99,6372
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
Buried area2020 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area30580 Å2
手法PISA
3
E: Allantoinase
F: Allantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7684
ポリマ－99,6372
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.658, 157.658, 418.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31E
41F
51C
61D
詳細AUTHOR STATES THAT THE ASSEMBLY IS LIKELY A TETRAMER. THE ASU CONTAINS 1 FULL TETRAMER - MONOMERS A,B,E,F AND ANOTHER HALF (MONOMERS C AND D). THE REASON - AT LEAST TWO SIMILAR ENZYMES HAVE SIMILAR ASSEMBLIES DESPITE DIFFERENT CRYSTAL PACKING. IT WAS NOT EXPERIMENTALLY VERIFIED, HOWEVER.

-
要素

#1: タンパク質
Allantoinase / Allantoin-utilizing enzyme


分子量: 49818.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: allB, pucH, BH2309 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KAH8, allantoinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100MM HEPES PH 7.5, 36% PEG 400, 300MM MAGNESIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 94850 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 26.152 / SU ML: 0.268 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.015 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 2847 3 %RANDOM
Rwork0.23969 ---
obs0.24054 91704 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20.75 Å20 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----2.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20369 0 6 371 20746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02220995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.95928467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35152652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40123.96942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.845153625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.91615134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.23184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1430.310272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.514072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.51405
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.379
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4642.513432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.752421142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.16848453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.5416.57313
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3335 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.410.5
medium positional0.350
medium positional0.360
medium positional0.370
medium positional0.50
medium positional0.410
medium thermal5.9510
medium thermal5.140
medium thermal4.740
medium thermal4.730
medium thermal7.450
medium thermal5.890
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 178 -
Rwork0.27 6574 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43490.03570.40371.65690.60484.63860.244-0.165-0.32660.17080.1934-0.30330.99160.5933-0.4374-0.02330.0813-0.173-0.012-0.0031-0.094810.986327.6034232.1881
21.27220.29050.14062.4271-0.26783.41210.07710.009-0.1599-0.3670.07160.26170.7392-0.2827-0.1487-0.0444-0.0429-0.1158-0.2476-0.0186-0.1347-8.409326.2866184.7021
30.87430.07980.55931.6444-0.82571.77620.00250.0370.1998-0.1505-0.06560.1263-0.28450.00250.06310.29250.15370.11060.22460.08860.123529.758687.0207255.593
43.5704-0.8569-2.44981.78410.99794.1415-0.0914-0.0433-0.32-0.00840.0376-0.02740.2923-0.12850.0538-0.1511-0.0462-0.0151-0.1488-0.0604-0.122950.840450.5342254.9627
51.60810.0191-0.61681.4543-0.3812.48030.1443-0.22680.28190.21780.05130.1884-0.3994-0.0779-0.1955-0.230900.0907-0.2396-0.0704-0.1574-11.233563.3454232.0909
61.2902-0.0913-0.25562.09450.02952.14820.01940.05050.1657-0.26010.0426-0.2755-0.1740.1972-0.062-0.25590.00620.0865-0.30310.0416-0.13959.371564.4319185.0674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 438
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 438
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 438
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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