PDB-3hm7: Crystal structure of allantoinase from Bacillus halodurans C-125

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hm7

タイトル

Crystal structure of allantoinase from Bacillus halodurans C-125

要素

Allantoinase

キーワード

HYDROLASE / ALLANTOINASE / METALLO-DEPENDENT HYDROLASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / STRUCTURAL GENOMICS / DNA-BINDING / Metal-binding / Purine metabolism / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

allantoinase / allantoin catabolic process / allantoinase activity / purine nucleobase catabolic process / cobalt ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Romero, R. / Rutter, M. / Miller, S. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Raushel, F.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York Structural GenomiX Research Consortium (NYSGXRC) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Allantoinase from Bacillus Halodurans
著者: Patskovsky, Y. / Romero, R. / Rutter, M. / Miller, S. / Raushel, F.M. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hm7.cif.gz	507.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hm7.ent.gz	420.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hzr-2 3wxf-d 3mpg-d 4bwc-1 4ean-4 3wdp-1 6pbm-d 6op5-3 5ixe-1 6op5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-9585a

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: NYSGXRC-9585a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Allantoinase

B: Allantoinase

C: Allantoinase

D: Allantoinase

E: Allantoinase

F: Allantoinase

ヘテロ分子

299 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Allantoinase

B: Allantoinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Allantoinase

ヘテロ分子

D: Allantoinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Allantoinase

F: Allantoinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.658, 157.658, 418.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	E
4	1	F
5	1	C
6	1	D

詳細

AUTHOR STATES THAT THE ASSEMBLY IS LIKELY A TETRAMER. THE ASU CONTAINS 1 FULL TETRAMER - MONOMERS A,B,E,F AND ANOTHER HALF (MONOMERS C AND D). THE REASON - AT LEAST TWO SIMILAR ENZYMES HAVE SIMILAR ASSEMBLIES DESPITE DIFFERENT CRYSTAL PACKING. IT WAS NOT EXPERIMENTALLY VERIFIED, HOWEVER.

#1: タンパク質	Allantoinase / Allantoin-utilizing enzyme 分子量: 49818.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 遺伝子: allB, pucH, BH2309 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KAH8, allantoinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100MM HEPES PH 7.5, 36% PEG 400, 300MM MAGNESIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射	モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 94850 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.3.0034	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 26.152 / SU ML: 0.268 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.015 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2673	2847	3 %	RANDOM
R_work	0.23969	-	-	-
obs	0.24054	91704	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5 Å²	0.75 Å²	0 Å²
2-	-	1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20369	0	6	371	20746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	20995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.959	28467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.351	5	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.401	23.96	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.845	15	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.916	15	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.143	0.3	10272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.5	14072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.5	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.113	0.3	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.464	2.5	13432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.752	4	21142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.168	4	8453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.541	6.5	7313
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3335 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.41	0.5
medium positional	0.35	0
medium positional	0.36	0
medium positional	0.37	0
medium positional	0.5	0
medium positional	0.41	0
medium thermal	5.95	10
medium thermal	5.14	0
medium thermal	4.74	0
medium thermal	4.73	0
medium thermal	7.45	0
medium thermal	5.89	0

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	178	-
R_work	0.27	6574	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4349	0.0357	0.4037	1.6569	0.6048	4.6386	0.244	-0.165	-0.3266	0.1708	0.1934	-0.3033	0.9916	0.5933	-0.4374	-0.0233	0.0813	-0.173	-0.012	-0.0031	-0.0948	10.9863	27.6034	232.1881
2	1.2722	0.2905	0.1406	2.4271	-0.2678	3.4121	0.0771	0.009	-0.1599	-0.367	0.0716	0.2617	0.7392	-0.2827	-0.1487	-0.0444	-0.0429	-0.1158	-0.2476	-0.0186	-0.1347	-8.4093	26.2866	184.7021
3	0.8743	0.0798	0.5593	1.6444	-0.8257	1.7762	0.0025	0.037	0.1998	-0.1505	-0.0656	0.1263	-0.2845	0.0025	0.0631	0.2925	0.1537	0.1106	0.2246	0.0886	0.1235	29.7586	87.0207	255.593
4	3.5704	-0.8569	-2.4498	1.7841	0.9979	4.1415	-0.0914	-0.0433	-0.32	-0.0084	0.0376	-0.0274	0.2923	-0.1285	0.0538	-0.1511	-0.0462	-0.0151	-0.1488	-0.0604	-0.1229	50.8404	50.5342	254.9627
5	1.6081	0.0191	-0.6168	1.4543	-0.381	2.4803	0.1443	-0.2268	0.2819	0.2178	0.0513	0.1884	-0.3994	-0.0779	-0.1955	-0.2309	0	0.0907	-0.2396	-0.0704	-0.1574	-11.2335	63.3454	232.0909
6	1.2902	-0.0913	-0.2556	2.0945	0.0295	2.1482	0.0194	0.0505	0.1657	-0.2601	0.0426	-0.2755	-0.174	0.1972	-0.062	-0.2559	0.0062	0.0865	-0.3031	0.0416	-0.1395	9.3715	64.4319	185.0674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 438
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 438
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 437
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 438
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 438

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)