PDB-3hm6: Crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hm6

タイトル

Crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin B1

要素

Plexin-B1
Unknown peptide

キーワード

SIGNALING PROTEIN / structural genomics consortium / sgc / MEMBRANE / transmembrane / receptor / Cell membrane / Glycoprotein / Phosphoprotein / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / inhibitory synapse assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.402 Å

データ登録者

Tong, Y. / He, H. / Shen, L. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of the intracellular region of the plexin-b1 transmembrane receptor.
著者: Tong, Y. / Hota, P.K. / Penachioni, J.Y. / Hamaneh, M.B. / Kim, S. / Alviani, R.S. / Shen, L. / He, H. / Tempel, W. / Tamagnone, L. / Park, H.W. / Buck, M.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Source and taxonomy カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hm6.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hm6.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hm6_validation.pdf.gz	410.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hm6_full_validation.pdf.gz	411.9 KB	表示
XML形式データ	3hm6_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	3hm6_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qau-2 2iiz-1 4wad-d 4au8-d 3qcf-d 6vqm-d 4wac-d 6glb-d 5vaf-1 5vaf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2)

登録構造単位

X: Plexin-B1

C: Unknown peptide

76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.346, 74.346, 214.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP 分子量: 73644.109 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domain (UNP residues 1511-2135) / 変異: S1625T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / プラスミド: pFBOH-LIC (GI:134105591) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O43157
#2: タンパク質・ペプチド	Unknown peptide 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / プラスミド: pFBOH-LIC (GI:134105591) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ACCORDING TO THE AUTHORS CHAIN C LIKELY REPRESENTS PART OF THE PROTEIN CONSTRUCT'S N-TERMINUS. ...ACCORDING TO THE AUTHORS CHAIN C LIKELY REPRESENTS PART OF THE PROTEIN CONSTRUCT'S N-TERMINUS. DENSITY WAS DISCONTINUOUS AND THE AMINO ACID SEQUENCE OF THE FRAGMENT COULD NOT BE ASSIGNED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 16% peg-2000 mme, 0.1M TRIS, 0.2M TMAO, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 27657 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Χ²: 1.038 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	7.6	0.577	2703	0.965	1	99.9
2.49-2.59	8.9	0.408	2686	0.962	1	100
2.59-2.7	9.5	0.296	2723	0.982	1	100
2.7-2.85	10	0.191	2737	0.992	1	100
2.85-3.02	10.3	0.127	2735	0.97	1	100
3.02-3.26	10.5	0.083	2739	0.982	1	100
3.26-3.58	10.6	0.048	2771	0.983	1	100
3.58-4.1	10.6	0.038	2787	1.271	1	100
4.1-5.16	10.3	0.033	2814	1.442	1	100
5.16-30	9.7	0.019	2962	0.777	1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: For phasing, native crystals were incubated over-night in an artificial mother liquor containing 0.001 M thimerosal.

解像度: 2.402→28.083 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.259 / WR_factor R_work: 0.224 / SU B: 19.659 / SU ML: 0.216 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B-factors are residuals from TLS refinement. Chain C likely represents part of the protein construct's N-terminus. Density was ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	1390	5.037 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.228	27598	99.779 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.953 Å²	0.476 Å²	0 Å²
2-	-	0.953 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.429 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.402→28.083 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4078	0	19	37	4134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.213	1.97	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.576	5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.655	23.728	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.896	15	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.721	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.088	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.932	2	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.454	2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.886	3	4239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.923	2	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.695	3	1422

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.402-2.464	0.402	110	0.285	1846	1992	98.193
2.464-2.531	0.381	94	0.27	1824	1919	99.948
2.531-2.604	0.306	86	0.265	1813	1900	99.947
2.604-2.683	0.314	97	0.26	1766	1863	100
2.683-2.771	0.356	93	0.252	1689	1782	100
2.771-2.867	0.287	88	0.241	1644	1733	99.942
2.867-2.974	0.354	85	0.246	1601	1686	100
2.974-3.094	0.33	79	0.247	1525	1604	100
3.094-3.23	0.246	73	0.253	1490	1563	100
3.23-3.385	0.286	75	0.232	1433	1508	100
3.385-3.565	0.238	74	0.217	1333	1407	100
3.565-3.778	0.254	60	0.222	1294	1354	100
3.778-4.033	0.269	63	0.208	1204	1267	100
4.033-4.349	0.23	60	0.192	1140	1200	100
4.349-4.753	0.218	53	0.187	1045	1098	100
4.753-5.295	0.215	48	0.208	977	1025	100
5.295-6.078	0.307	50	0.263	855	905	100
6.078-7.358	0.276	51	0.245	741	792	100
7.358-10.067	0.168	29	0.194	605	634	100
10.067-28.083	0.18	22	0.238	383	427	94.848

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.2896 Å / Origin y: 29.0521 Å / Origin z: -16.9473 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0253 Å²	-0.1049 Å²	0.0063 Å²	-	-0.3137 Å²	0.0071 Å²	-	-	-0.2068 Å²
L	1.1305 °²	-0.0362 °²	-0.5348 °²	-	1.4759 °²	-0.3424 °²	-	-	2.6048 °²
S	-0.1482 Å °	0.0084 Å °	-0.0426 Å °	-0.2278 Å °	0.0892 Å °	-0.1182 Å °	0.4391 Å °	-0.0207 Å °	0.059 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1563 - 2129
2	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1007 - 1033

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