PDB-3hls: Crystal structure of the signaling helix coiled-coil doimain of t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hls

タイトル

Crystal structure of the signaling helix coiled-coil doimain of the BETA-1 subunit of the soluble guanylyl cyclase

要素

Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / coiled-coil domain / signaling helix / S-helix / cGMP biosynthesis / Cytoplasm / GTP-binding / Heme / Iron / Lyase / Metal-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Smooth Muscle Contraction / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / nitric oxide binding / cGMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Ma, X. / van den Akker, F.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the signaling helix coiled-coil domain of the beta-1 subunit of the soluble guanylyl cyclase.
著者: Ma, X. / Beuve, A. / van den Akker, F.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hls.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hls.ent.gz	98 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hls_validation.pdf.gz	475 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hls_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	3hls_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3hls_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/3hls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/3hls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3360 3361 3362 5jk9-2 3p4l-d 2a4e-d 4uid-1 4bqb-3 4bxp-d 5wi8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (17) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (7) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

B: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

C: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

D: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

E: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

F: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

G: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

H: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

62.5 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

B: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

D: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

F: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

H: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

B: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

C: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

D: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 4 ポリマー
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6

E: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

F: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

G: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

H: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.039, 65.814, 98.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Guanylate cyclase soluble subunit beta-1 / GCS-beta-1 / Soluble guanylate cyclase small subunit 分子量: 7818.653 Da / 分子数: 8 / 断片: Coiled-coil domain / 変異: I371M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 遺伝子: Guc1b3, Gucy1b1, Gucy1b3, soluble guanylyl cyclase beta-1 プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P20595, guanylate cyclase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.0, 0.7M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射	モノクロメーター: vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→39.81 Å / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→39.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 5.172 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26113	2023	5 %	RANDOM
R_work	0.21326	-	-	-
obs	0.21568	38302	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4152	0	0	460	4612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	2.022	5648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.022	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.641	24.356	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.972	15	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.357	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.287	0.2	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.532	2	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.753	3	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.344	2	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.175	3	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.207 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	139	-
R_work	0.221	2586	-
obs	-	2725	91.38 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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