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万見
- PDB-3hlh: Diisopropyl fluorophosphatase (DFPase), active site mutants -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hlh
タイトルDiisopropyl fluorophosphatase (DFPase), active site mutants
要素Diisopropyl-fluorophosphatase
キーワードHYDROLASE / phosphotriesterase / beta propeller / calcium binding / Calcium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diisopropyl-fluorophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo vulgaris (イカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, J.C.-H. / Blum, M.-M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Reversed enantioselectivity of diisopropyl fluorophosphatase against organophosphorus nerve agents by rational design
著者: Melzer, M. / Chen, J.C. / Heidenreich, A. / Gab, J. / Koller, M. / Kehe, K. / Blum, M.M.
履歴
登録2009年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
B: Diisopropyl-fluorophosphatase
C: Diisopropyl-fluorophosphatase
D: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,97912
ポリマ－139,6584
非ポリマー3218
水16,340907
1
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9953
ポリマ－34,9151
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9953
ポリマ－34,9151
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9953
ポリマ－34,9151
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9953
ポリマ－34,9151
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.110, 74.390, 118.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Diisopropyl-fluorophosphatase / DFPase


分子量: 34914.559 Da / 分子数: 4 / 変異: E37A, Y144A, R146A, T195M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo vulgaris (イカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIG4, EC: 3.1.8.2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2% Tacsimate, 16% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日 / 詳細: Horizontally bended Ge(220)
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→500 Å / Num. all: 106690 / Num. obs: 105813 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GVW

2gvw


解像度: 1.8→47.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 5332 5 %random
Rwork0.195 ---
obs0.195 105813 99.2 %-
all-106690 --
溶媒の処理Bsol: 37.028 Å2
原子変位パラメータBiso max: 46.41 Å2 / Biso mean: 11.241 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.955 Å20 Å20.29 Å2
2--1.617 Å20 Å2
3----0.662 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9740 0 8 907 10655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0232
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.012.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.772
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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