PDB-3hlb: Simvastatin Synthase (LovD) from Aspergillus terreus, unliganded,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hlb

タイトル

Simvastatin Synthase (LovD) from Aspergillus terreus, unliganded, selenomethionyl derivative

要素

Transesterase

キーワード

TRANSFERASE / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / defense response to fungus / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus terreus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Laidman, J. / Pashkov, I. / Gao, X. / Tang, Y.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Directed evolution and structural characterization of a simvastatin synthase
著者: Gao, X. / Xie, X. / Pashkov, I. / Sawaya, M.R. / Laidman, J. / Zhang, W. / Cacho, R. / Yeates, T.O. / Tang, Y.

履歴

登録	2009年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hlb.cif.gz	311.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hlb.ent.gz	252.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hlb_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hlb_full_validation.pdf.gz	527.6 KB	表示
XML形式データ	3hlb_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	3hlb_validation.cif.gz	75.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/3hlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/3hlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hl9SC 3hlcC 3hldC 3hleC 3hlfC 3hlgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hl9-2 3hl9-4 4lcm-3 3qyh-1 6mev-5 3hl9-1 3hl9-3 3sq3-2 1v0r-d 7dix-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Transesterase

B: Transesterase

C: Transesterase

D: Transesterase

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Transesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Transesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	209.475, 85.215, 104.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.480, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	10 - 92	29 - 111
2	1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	10 - 92	29 - 111
3	1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	10 - 92	29 - 111
4	1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	10 - 92	29 - 111
1	2	1	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	204 - 408	223 - 427
2	2	1	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	204 - 408	223 - 427
3	2	1	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	204 - 408	223 - 427
4	2	1	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	204 - 408	223 - 427
1	1	2	GLY	GLY	THR	THR	A	A	93 - 203	112 - 222
2	1	2	GLY	GLY	THR	THR	B	B	93 - 203	112 - 222
3	1	2	GLY	GLY	THR	THR	C	C	93 - 203	112 - 222
4	1	2	GLY	GLY	THR	THR	D	D	93 - 203	112 - 222

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transesterase / LovD 分子量: 48108.629 Da / 分子数: 4 / 変異: C40A, C60N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)with bioH knockout / 参照: UniProt: Q9Y7D1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.25 M ammonium sulfate, 10 mM dithiothreitol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→54.39 Å / Num. all: 50258 / Num. obs: 50258 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 62.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.143 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 10.24
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2603 / Χ²: 1.022 / % possible all: 46.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.2 Å	46.14 Å
Translation	4.2 Å	46.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3HL9

3hl9

解像度: 2.5→54.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / WR_factor R_free: 0.295 / WR_factor R_work: 0.252 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.78 / SU B: 32.917 / SU ML: 0.326 / SU R Cruickshank DPI: 0.337 / SU R_free: 0.395 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	2518	5 %	RANDOM
R_work	0.248	-	-	-
obs	0.25	50246	89.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.86 Å² / B_iso mean: 51.757 Å² / B_iso min: 32.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.75 Å²	0 Å²	-3.33 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→54.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12547	0	65	21	12633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	12865
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.995	1.976	17431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	3	21578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.521	5	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.244	23.344	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.098	15	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.935	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	14427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.813	2	7950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.172	2	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.401	3	12728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.795	2	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.283	3	4703

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3725	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	B	3725	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0
1	C	3725	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0
1	D	3725	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0
1	A	3725	MEDIUM THERMAL	0.22	2
1	B	3725	MEDIUM THERMAL	0.21	0
1	C	3725	MEDIUM THERMAL	0.2	0
1	D	3725	MEDIUM THERMAL	0.22	0
2	A	1479	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	B	1479	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0
2	C	1479	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0
2	D	1479	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0
2	A	1479	MEDIUM THERMAL	0.19	2
2	B	1479	MEDIUM THERMAL	0.18	0
2	C	1479	MEDIUM THERMAL	0.19	0
2	D	1479	MEDIUM THERMAL	0.18	0

LS精密化シェル

解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	91	-
R_work	0.356	1566	-
all	-	1657	-
obs	-	-	40.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.914	-0.2708	-0.0737	2.5987	-0.1438	2.4372	-0.1305	0.2687	-0.0855	-0.1996	0.0593	-0.2694	0.1152	0.019	0.0712	-0.1912	-0.0254	0.0055	-0.0876	-0.0747	-0.2168	-2.3424	-3.2828	37.6889
2	2.211	0.3293	0.4947	2.9653	-0.2677	1.8289	-0.0799	0.1271	0.1958	-0.2597	0.0755	-0.2026	-0.0479	0.2035	0.0044	-0.1781	-0.0495	-0.0039	-0.0606	-0.0241	-0.2516	-6.9086	36.1573	30.2388
3	2.3581	0.151	1.3431	4.4719	-0.2058	3.6912	0.237	0.2636	-0.204	-0.5041	-0.0177	-0.1861	-0.035	-0.2402	-0.2193	-0.0878	0.0839	-0.046	-0.2332	-0.0304	-0.1377	27.7651	-21.881	2.3448
4	2.5179	-0.0916	0.7794	3.0318	0.4299	2.7439	-0.0439	-0.3101	-0.04	0.0162	-0.0742	-0.3538	-0.1403	0.083	0.118	-0.1239	-0.0709	-0.1007	-0.2255	0.0789	-0.178	39.7402	12.0802	21.3976
5	2.2792	-0.1616	1.1016	4.8955	-0.4713	1.9732	-0.0711	0.0061	0.0427	0.5297	-0.0079	-0.1704	-0.1912	0.0255	0.0791	-0.0318	0.014	-0.1692	-0.0804	-0.0524	-0.2162	0.9344	13.9975	57.4232
6	1.5853	0.0517	0.3797	5.5301	0.1521	2.0022	-0.0309	0.2396	-0.0576	-0.3501	0.0608	0.563	0.1835	-0.0459	-0.0299	-0.0304	-0.0622	-0.1732	0.0359	0.0027	-0.2618	-23.4058	18.9452	18.8547
7	2.9127	0.7618	0.989	2.6269	0.1653	5.2535	0.1819	-0.6162	-0.1363	0.6926	-0.1516	-0.2056	0.0479	-0.2634	-0.0303	0.0174	-0.0295	-0.2026	-0.127	0.123	-0.0818	34.2227	-23.0067	28.2335
8	3.3655	0.2659	1.6176	3.9392	1.6414	4.5774	-0.0405	0.0253	-0.0047	-0.2129	-0.1211	0.3392	-0.1145	-0.5355	0.1616	0.1013	0.1555	-0.1889	-0.1461	-0.028	-0.21	19.9377	13.4814	3.3443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	204 - 413
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	204 - 413
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	204 - 413
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	10 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	204 - 413
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	93 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	93 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	93 - 203
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	93 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)