[日本語] English
万見
- PDB-3hkl: Crystal Structure of the Frizzled-like Cysteine-rich Domain of MuSK -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hkl
タイトルCrystal Structure of the Frizzled-like Cysteine-rich Domain of MuSK
要素Muscle, skeletal receptor tyrosine protein kinase
キーワードTransferase / Signaling protein / MuSK / RECEPTOR TYROSINE KINASE / FRIZZLED CRD / ATP-binding / Disulfide bond / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / positive regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / Wnt-protein binding / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / motor neuron apoptotic process / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / neuromuscular junction development ...positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / positive regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / Wnt-protein binding / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / motor neuron apoptotic process / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / neuromuscular junction development / receptor clustering / response to muscle activity / positive regulation of Rac protein signal transduction / cochlea development / response to electrical stimulus / response to axon injury / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cell projection / PDZ domain binding / neuromuscular junction / receptor protein-tyrosine kinase / memory / long-term synaptic potentiation / retina development in camera-type eye / protein tyrosine kinase activity / postsynaptic membrane / cell differentiation / receptor complex / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / synapse / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 ...Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscle, skeletal receptor tyrosine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stiegler, A.L. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the frizzled-like cysteine-rich domain of the receptor tyrosine kinase MuSK.
著者: Stiegler, A.L. / Burden, S.J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2009年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Muscle, skeletal receptor tyrosine protein kinase
B: Muscle, skeletal receptor tyrosine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6254
ポリマ－43,7762
非ポリマー8492
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.592, 44.422, 69.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Muscle, skeletal receptor tyrosine protein kinase / Muscle-specific kinase receptor / MuSK


分子量: 21888.062 Da / 分子数: 2 / 断片: FZ-CRD, residues 313-494 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Musk / プラスミド: PACGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q62838, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG 4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS PH 8.5, 5% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.47 Å / Num. all: 22374 / Num. obs: 22050
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.892 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26433 1129 5.1 %RANDOM
Rwork0.22619 ---
obs0.22822 20869 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å21.91 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 0 56 63 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0682.0083243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4835291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90123.7588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67915340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.357159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.51523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9622375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1733964
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9854.5868
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 67 -
Rwork0.259 1505 -
obs--96.68 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る