PDB-3hjr: Crystal structure of serine protease of Aeromonas sobria

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hjr

タイトル

Crystal structure of serine protease of Aeromonas sobria

要素

Extracellular serine protease

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / KEXIN / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

Lys-Lys/Arg-Xaa endopeptidase / endomembrane system / protein processing / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas sobria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Utsunomiya, H. / Tsuge, H. / Kobayashi, H. / Okamoto, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the kexin-like serine protease from Aeromonas sobria as a sepsis-causing factor
著者: Kobayashi, H. / Utsunomiya, H. / Yamanaka, H. / Sei, Y. / Katunuma, N. / Okamoto, K. / Tsuge, H.

履歴

登録	2009年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2009年6月2日	ID: 2OXA
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hjr.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hjr.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hjr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hjr_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hjr_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	3hjr_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	3hjr_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pqc-2 6mw4-d 5j7x-d 6ofq-1 6pu3-d 5zu2-2 6k9m-2 3kfc-1 1khg-d 5gue-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (15) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Extracellular serine protease

ヘテロ分子

64.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.820, 112.056, 51.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Extracellular serine protease 分子量: 64270.121 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-624 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas sobria (バクテリア) / 遺伝子: ASP / プラスミド: PSA-ASP+ORF2 / 発現宿主: AEROMONAS SOBRIA (バクテリア) / 株 (発現宿主): T94 参照: UniProt: Q9L5A4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THEY WERE CAUSED ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THEY WERE CAUSED IN PCR ERRORS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 10% PEG 3000, 1M CHES pH9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→55.99 Å / Num. all: 62492 / Num. obs: 61518 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.194 / Num. unique all: 5762 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.65→43.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.947 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2018	3172	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16828	-	-	-
obs	0.16999	59296	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.955 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	-1.98 Å²
2-	-	-1.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4458	0	3	700	5161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.948	6184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3	9395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.387	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.261	0.2	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.075	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.292	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.727	1.5	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.212	2	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.208	3	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.34	4.5	1480

LS精密化シェル

解像度: 1.654→1.697 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.195	201
R_work	0.184	4043

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0504	0.5583	-0.2389	1.2769	-0.224	0.8633	-0.0793	0.1034	-0.1788	-0.1193	0.0524	-0.1892	0.1312	0.0223	0.0269	0.1285	-0.0011	0.0825	0.1567	-0.0213	0.0982	20.8672	-12.9103	-3.3898
2	0.6068	0.9344	0.9599	0.3634	1.444	0.9214	-0.0421	0.024	0.0288	-0.2102	0.1029	-0.3217	-0.3022	0.0578	-0.0608	0.147	-0.0272	0.0474	0.1618	0.0129	0.033	26.009	8.8319	8.2221
3	3.4188	1.1405	-0.036	4.8469	0.4741	1.9126	0.036	0.1125	0.1201	-0.1871	0.0246	-0.153	-0.2046	0.0005	-0.0605	0.1655	0.0068	0.097	0.2064	0.0196	0.0728	21.7253	9.5849	-8.2538
4	0.619	0.1733	-0.1232	1.0189	0.0921	0.6	-0.0064	-0.0728	-0.1185	0.1263	0.0001	-0.1696	0.0906	0.0572	0.0063	0.1084	-0.0009	0.0386	0.148	0.022	0.0646	21.2029	-7.3601	9.2853
5	1.422	0.6404	-0.1325	3.268	-2.3348	3.4134	-0.0551	0.1454	0.0399	-0.1365	0.1321	0.1823	0.1107	-0.1705	-0.077	0.1096	-0.0262	0.0447	0.1722	-0.0106	0.0486	4.8478	-1.078	-4.0283
6	0.6991	0.3005	0.3717	1.2151	0.61	1.2958	-0.0313	-0.1164	0.1111	0.2356	-0.0696	0.2344	-0.013	-0.1607	0.1009	0.141	-0.0139	0.0929	0.1875	-0.0055	0.0613	3.5178	5.1882	16.3045
7	0.9356	0.5555	0.3347	3.4782	0.9464	1.064	-0.0382	0.0205	0.1746	-0.051	-0.0286	0.1535	-0.1155	-0.063	0.0668	0.141	-0.0062	0.047	0.2237	0.0122	0.0944	5.6703	12.4309	-3.4032
8	0.6719	-0.0316	0.2226	1.0275	-0.034	1.1371	-0.0646	-0.0592	0.1219	0.1193	0.0183	-0.0104	-0.2257	0.0087	0.0463	0.1553	-0.0004	0.0505	0.1517	-0.0079	0.0655	13.2129	18.2454	14.1546
9	10.1284	-6.5688	-1.5954	6.7929	0.5764	5.3773	-0.1742	-0.1202	0.0823	0.2388	0.038	-0.3505	0.1488	0.4734	0.1362	0.1054	-0.027	-0.0107	0.2076	0.0136	0.0462	33.1268	5.5777	26.9938
10	0.8941	0.2183	-0.0896	1.5394	-0.3726	0.7552	-0.0673	0.058	0.1201	0.126	0.1528	-0.0648	-0.3877	0.3576	-0.0855	0.1402	0.0163	0.0367	0.1271	-0.0094	0.1002	14.0467	22.9566	12.0973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	213 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	355 - 372
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	373 - 420
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	421 - 449
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	450 - 559
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	560 - 577
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	578 - 595

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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