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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hic | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOFRUCTOKINASE(Lin2199)FROM Listeria innocua | ||||||
![]() | Lin2199 protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Carbohydrate kinase / 1-phosphofructokinase / Phosphotransferase / NYSGXRC / 11206N / PSI2 / STRUCTURAL GENOMICS / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() lactose metabolic process / tagatose-6-phosphate kinase / phosphofructokinase activity / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOFRUCTOKINASE(Lin2199)FROM Listeria innocua 著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35338.305 Da / 分子数: 1 / 断片: Full length / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10(Invitrogen) / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M Bis-Tris pH 6.5 [100mM]+ 50% PEG 3350 [25%] + Lithium Sulfate [200mM], VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 21120 / Num. obs: 21120 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1928 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 92.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→40.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.035
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