PDB-3hia: Crystal structure of the choline binding domain of Spr1274 in Str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hia

タイトル

Crystal structure of the choline binding domain of Spr1274 in Streptococcus pneumoniae

要素

Choline binding protein

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / beta hairpin

機能・相同性

Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Ribbon / Mainly Beta / PHOSPHOCHOLINE / Choline binding protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Zhang, Z.-Y. / Li, W.-Z. / Jiang, Y.-L. / Bao, R. / Zhou, C.-Z. / Chen, Y.-X.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the choline binding domain of Spr1274 in Streptococcus pneumoniae
著者: Zhang, Z.-Y. / Li, W.-Z. / Frolet, C. / Bao, R. / Di-guilmi, A.-M. / Jiang, Y.-L. / Zhou, C.-Z. / Chen, Y.-X.

履歴

登録	2009年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hia.cif.gz	61.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hia.ent.gz	45.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hia_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hia_full_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示
XML形式データ	3hia_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	3hia_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v05S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qqm-2 1biu-1 6vlh-d 3ghj-1 6vqs-1 6qqm-1 6um8-d 2g0w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Choline binding protein

B: Choline binding protein

C: Choline binding protein

ヘテロ分子

34.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Choline binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Choline binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Choline binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.610, 140.610, 46.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Choline binding protein 分子量: 10826.836 Da / 分子数: 3 / 断片: choline binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: R6 / 遺伝子: spr1274 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DP99
#2: 化合物	ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン分子量: 184.151 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₅NO₄P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.75M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 6.5, 10% dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→70.36 Å / Num. obs: 15041 / 冗長度: 3.79 % / B_iso Wilson estimate: 38.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.26
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.79 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 2205

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V05

2v05

解像度: 2.38→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 12.935 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26509	1627	12.6 %	RANDOM
R_work	0.22306	-	-	-
obs	0.22852	11301	94.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.52 Å²	-3.26 Å²	0 Å²
2-	-	-6.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1807	0	52	114	1973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.245	1.879	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.968	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.589	25.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.2	15	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	34.408	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.59	1.5	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.065	2	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.367	3	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.966	4.5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.441 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	103	-
R_work	0.335	694	-
obs	-	-	80.02 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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