PDB-3hhq: Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hhq

タイトル

Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / trimer / beta barrel / apo structure / dUTP pyrophosphatase / Saccharomyces cerevisiae / molecular replacement / Nucleotide metabolism / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / dITP catabolic process / dITP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Singer, A.U. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structure and activity of the Saccharomyces cerevisiae dUTP pyrophosphatase DUT1, an essential housekeeping enzyme.
著者: Tchigvintsev, A. / Singer, A.U. / Flick, R. / Petit, P. / Brown, G. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2009年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hhq.cif.gz	630 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hhq.ent.gz	511.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hhq_validation.pdf.gz	728.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hhq_full_validation.pdf.gz	778.5 KB	表示
XML形式データ	3hhq_validation.xml.gz	134 KB	表示
CIF形式データ	3hhq_validation.cif.gz	180.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3f4fSC 3p48C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ara-d 3p48-d 3f4f-d 3c2t-2 6fib-d 1f7r-1 1rj7-3 3arn-d 6ydv-2 2pc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

F: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

G: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

H: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

I: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

J: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

K: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

L: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

M: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

N: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

O: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

P: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

Q: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

R: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

S: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

T: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

U: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

V: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

W: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

X: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

427 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

F: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

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53.4 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

H: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

I: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

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53.2 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

K: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

L: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

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53.5 kDa, 3 ポリマー
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5

M: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

N: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

O: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

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6

P: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

Q: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

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ヘテロ分子

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7

S: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

T: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

U: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

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53.4 kDa, 3 ポリマー
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8

V: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

W: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

X: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

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53.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.461, 95.466, 97.594
Angle α, β, γ (deg.)	98.79, 97.42, 107.13
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	5 - 140
2	1	1	4	B	5 - 140
3	1	1	4	C	5 - 140
4	1	1	4	D	5 - 140
5	1	1	4	E	5 - 140
6	1	1	4	F	5 - 140
7	1	1	4	G	5 - 140
8	1	1	4	H	5 - 140
9	1	1	4	I	5 - 140
10	1	1	4	J	5 - 140
11	1	1	4	K	5 - 140
12	1	1	4	L	5 - 140
13	1	1	4	M	5 - 140
14	1	1	4	N	5 - 140
15	1	1	4	O	5 - 140
16	1	1	4	P	5 - 140
17	1	1	4	Q	5 - 140
18	1	1	4	R	5 - 140
19	1	1	4	S	5 - 140
20	1	1	4	T	5 - 140
21	1	1	4	U	5 - 140
22	1	1	4	V	5 - 140
23	1	1	4	W	5 - 140
24	1	1	4	X	5 - 140

-
タンパク質 , 1種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質	... Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 17494.643 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DUT1, dUT1p, YBR1705, YBR252W / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(GOLD)DE3 / 参照: UniProt: P33317, dUTP diphosphatase

#1: タンパク質

...
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase

分子量: 17494.643 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DUT1, dUT1p, YBR1705, YBR252W / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(GOLD)DE3 / 参照: UniProt: P33317, dUTP diphosphatase

-
非ポリマー , 7種, 1840分子

#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 plus 0.015 mg/mL Trypsin. Cryoprotected with a solution of 7% Glycerol, 7% Ethylene glycol and 7% Sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: VariMax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 214470 / Num. obs: 191238 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.13
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique all: 19074 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3F4F

3f4f

解像度: 2→40.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 8.964 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23581	9588	5 %	RANDOM
R_work	0.17475	-	-	-
obs	0.17783	191230	88.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22599	0	397	1732	24728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	23547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.851	1.976	31889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.777	5	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.004	24.181	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.177	15	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.256	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	17058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	10520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	15906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.216	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.884	1.5	15251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.4	2	24702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.642	3	8392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.094	4.5	7180
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 770 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.43	0.5
2	B	medium positional	0.34	0.5
3	C	medium positional	0.4	0.5
4	D	medium positional	0.36	0.5
5	E	medium positional	0.27	0.5
6	F	medium positional	0.36	0.5
7	G	medium positional	0.36	0.5
8	H	medium positional	0.31	0.5
9	I	medium positional	0.33	0.5
10	J	medium positional	0.44	0.5
11	K	medium positional	0.4	0.5
12	L	medium positional	0.45	0.5
13	M	medium positional	0.35	0.5
14	N	medium positional	0.34	0.5
15	O	medium positional	0.42	0.5
16	P	medium positional	0.3	0.5
17	Q	medium positional	0.35	0.5
18	R	medium positional	0.27	0.5
19	S	medium positional	0.42	0.5
20	T	medium positional	0.28	0.5
21	U	medium positional	0.41	0.5
22	V	medium positional	0.35	0.5
23	W	medium positional	0.35	0.5
24	X	medium positional	0.4	0.5
1	A	medium thermal	1.21	2
2	B	medium thermal	1.46	2
3	C	medium thermal	1.12	2
4	D	medium thermal	1.34	2
5	E	medium thermal	1.09	2
6	F	medium thermal	1.06	2
7	G	medium thermal	1.36	2
8	H	medium thermal	1.35	2
9	I	medium thermal	1.32	2
10	J	medium thermal	1.1	2
11	K	medium thermal	1.32	2
12	L	medium thermal	1.14	2
13	M	medium thermal	1.39	2
14	N	medium thermal	1.31	2
15	O	medium thermal	1.28	2
16	P	medium thermal	1.17	2
17	Q	medium thermal	1.31	2
18	R	medium thermal	1.13	2
19	S	medium thermal	1.49	2
20	T	medium thermal	1.4	2
21	U	medium thermal	1.17	2
22	V	medium thermal	1.37	2
23	W	medium thermal	1.22	2
24	X	medium thermal	1.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	661	-
R_work	0.232	12348	-
obs	-	13009	81.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0281	-0.4033	-0.0038	2.7627	0.1006	1.2177	0.0076	-0.0076	0.1834	-0.0939	0.0683	-0.2336	-0.0631	0.0344	-0.0759	-0.0548	0.0056	0.0098	-0.0864	0.0068	-0.0449	1.6042	16.0328	27.7677
2	0.7145	0.026	-0.4024	3.0491	0.1542	0.6625	-0.0225	-0.0748	0.1034	0.379	0.0224	-0.0582	0.0574	0.0283	0.0002	-0.0309	0.0297	-0.0278	-0.0535	-0.004	-0.0946	0.6684	-0.0294	36.7942
3	1.2361	-0.1658	-0.801	1.8882	0.8818	1.7036	-0.0801	-0.1256	0.0956	-0.0214	0.2779	-0.5278	0.1264	0.2989	-0.1978	-0.0502	0.0061	-0.0106	0.0081	-0.0448	0.0667	15.8379	3.6051	26.9961
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10	2.3111	-0.0797	-0.1329	0.9008	0.2558	1.0546	0.0522	-0.0616	-0.1225	0.0239	0.0255	0.1157	0.0132	-0.0554	-0.0777	-0.0908	0.0049	0.0189	-0.0617	0.0192	-0.0254	-17.3374	-9.7866	-10.4596
11	2.4764	0.5231	-0.007	0.8598	-0.2097	0.6503	-0.0083	0.3555	-0.0139	-0.0835	0.0474	0.0481	0.0447	0.0539	-0.0391	-0.0712	0.024	0.0034	-0.0141	-0.0104	-0.1074	-2.198	-4.3616	-19.3876
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21	0.9332	0.0587	-0.1727	1.7255	0.5363	1.4592	0.0022	-0.0117	-0.1647	0.0348	-0.0083	0.0783	0.0124	0.0125	0.0062	-0.0683	0.0019	0.0084	-0.0753	0.0007	-0.1147	16.2963	-44.045	31.865
22	0.8482	-0.0016	0.0165	0.9079	0.0866	1.0346	0.0125	-0.0426	0.1558	0.0375	0.0611	0.0079	-0.1852	0.1301	-0.0736	-0.0358	-0.0195	0.0186	-0.0342	-0.0324	-0.1096	58.7249	39.4656	-5.9086
23	1.0782	-0.0716	-0.2032	1.1276	-0.0388	1.2513	0.0535	0.1427	0.0054	-0.0978	-0.0035	0.0503	-0.0677	0.0926	-0.05	-0.0525	-0.0174	-0.0181	-0.0044	-0.0237	-0.1176	64.0948	30.2225	-20.6893
24	1.5743	0.0132	-0.2133	0.9374	0.0101	0.6862	0.0537	0.032	-0.0676	-0.0109	0.0062	0.1386	-0.0289	-0.0276	-0.0599	-0.0606	-0.0058	-0.03	-0.0456	-0.0199	-0.1349	48.0293	25.6749	-12.2609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	6 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	7 - 132
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	7 - 134
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	6 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	6 - 135
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	7 - 132
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	7 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	7 - 132
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	7 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	7 - 133
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	6 - 132
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	6 - 133
21	X-RAY DIFFRACTION	21	U	7 - 133
22	X-RAY DIFFRACTION	22	V	7 - 133
23	X-RAY DIFFRACTION	23	W	5 - 134
24	X-RAY DIFFRACTION	24	X	7 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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