ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHASER | | 位相決定 | | PHENIX | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | ADSC | Quantumデータ収集 | | DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→31.26 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.794 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.273 | 579 | 4.76 % | RANDOM |
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Rwork | 0.215 | - | - | - |
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all | 0.218 | - | - | - |
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obs | 0.215 | 6730 | 98.49 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.761 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 137.98 Å2 / Biso mean: 54.811 Å2 / Biso min: 18.98 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.801 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.388 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 2.413 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→31.26 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1649 | 0 | 29 | 26 | 1704 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 1716 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.59 | 2315 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.048 | 258 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.001 | 287 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.079 | 642 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.57-2.838 | 0.302 | 169 | 0.257 | 2790 | 2959 | 95 | 2.838-3.248 | 0.301 | 132 | 0.237 | 2930 | 3062 | 100 | 3.248-4.09 | 0.254 | 127 | 0.193 | 2944 | 3071 | 100 | 4.09-31.262 | 0.253 | 151 | 0.207 | 2909 | 3060 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.0562 Å / Origin y: 0.3754 Å / Origin z: -12.4594 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1991 Å2 | 0.0048 Å2 | -0.0475 Å2 | - | 0.179 Å2 | -0.0061 Å2 | - | - | 0.2244 Å2 |
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L | 0.9526 °2 | -0.4547 °2 | -0.505 °2 | - | 0.3725 °2 | 0.2429 °2 | - | - | 0.6863 °2 |
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S | -0.0273 Å ° | -0.0044 Å ° | -0.1068 Å ° | -0.1138 Å ° | -0.0838 Å ° | 0.2011 Å ° | 0.0637 Å ° | -0.1625 Å ° | 0.0933 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA6 - 207 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA1 - 211 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA1 - 233 | | | | | | |
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