PDB-3hg8: Crystal Structure of 5-SMe Derivatized DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hg8

タイトル

Crystal Structure of 5-SMe Derivatized DNA

要素

5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US2)P*AP*CP*AP*C)-3'

キーワード

DNA / 5-SMe DNA

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Sheng, J. / Hassan, A.E.A. / Zhang, W. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: Chemistryselect / 年: 2023
タイトル: Synthesis of Pyrimidine Modified Seleno-DNA as a Novel Approach to Antisense Candidate
著者: Fang, Z. / Dantsu, Y. / Chen, C. / Zhang, W. / Huang, Z.

履歴

登録	2009年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2023年8月2日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.6	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hg8.cif.gz	15.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hg8.ent.gz	8.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ijkC 3ltuC 5usaC 5useC 5usgC 5wjrC 3hga 3hgd C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ijn-1 3fa1-1 3bm0-1 4i1g-1 2gpx-1 3ltu-1 2hc7-1 3r1c-1 3r1c-9 1d82-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US2)P*AP*CP*AP*C)-3'

2.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(US2)P*AP*CP*AP*C)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.08 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.882, 42.882, 23.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	5'-D(GP(UMS)PGP(US2)PAPCPAPC)-3' 分子量: 2537.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: the Se and S containing fragments are chemically synthesized and incorporated into DNA by solid phase synthesis 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MPD,sodium cacodylate,spermine tetra-HCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12B

検出器

タイプ: ADSC Q4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 4616 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23.015

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.38-1.43	5.2	0.24	67.8
1.43-1.49	6.3	0.199	78.1
1.49-1.55	7.7	0.143	97.2
1.55-1.64	9.4	0.122	100
1.64-1.74	9.4	0.087	100
1.74-1.87	9.5	0.088	99.8
1.87-2.06	9.3	0.076	100
2.06-2.36	9.2	0.072	100
2.36-2.97	9	0.059	100
2.97-50	7.9	0.047	96.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.38→20.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / SU B: 0.849 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19236	216	4.7 %	RANDOM
R_work	0.18702	-	-	-
obs	0.18726	4373	94.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→20.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	163	0	38	201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	178
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.116	3	262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	81
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.477	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.195	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.076	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.871	3	253
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.266	4.5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	14	-
R_work	0.228	215	-
obs	-	-	65.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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