PDB-3hg7: CRYSTAL STRUCTURE OF D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hg7

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein from Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449

要素

D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein from Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.7	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hg7.cif.gz	82.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hg7.ent.gz	60.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hg7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3wnv-1 2h9f-d 1dxy-d 3wnv-2 4yzq-d 6pex-2 1vj7-1 3rwo-d 3bwv-d 6p12-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11164f

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.055, 117.055, 64.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-368- HOH

#1: タンパク質	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein 分子量: 36501.836 Da / 分子数: 1 / 変異: I167V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida (バクテリア) 株: A449 / 遺伝子: ASA_0563 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A4SIK7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Li-sulfate, 0.1 M Tris, 25% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 36.23 / 数: 569940 / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.23 / D res high: 1.79 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 78686 / % possible obs: 98

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.86	50	98.5	1	0.027	1.697	7.7
3.86	4.86	100	1	0.032	1.838	7.4
3.37	3.86	100	1	0.05	2.788	7.6
3.06	3.37	100	1	0.053	1.95	7.7
2.84	3.06	100	1	0.053	1.306	7.7
2.67	2.84	100	1	0.062	1.129	7.7
2.54	2.67	100	1	0.077	1.069	7.7
2.43	2.54	100	1	0.093	1.038	7.7
2.34	2.43	100	1	0.113	1.008	7.7
2.26	2.34	100	1	0.129	1.004	7.7
2.18	2.26	100	1	0.162	1.013	7.6
2.12	2.18	100	1	0.211	0.989	7.6
2.07	2.12	100	1	0.246	0.959	7.6
2.02	2.07	100	1	0.294	0.961	7.6
1.97	2.02	100	1	0.387	0.948	7.5
1.93	1.97	99.8	1	0.462	0.937	7.3
1.89	1.93	99.1	1	0.55	0.914	6.9
1.85	1.89	96.5	1	0.659	0.873	6.2
1.82	1.85	91.8	1	0.812	0.873	5.2
1.79	1.82	74.7	1	0.809	0.83	3.9

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 78686 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.233 / Net I/σ(I): 36.234

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.79-1.82	3.9	0.809	3008	0.83	1	74.7
1.82-1.85	5.2	0.812	3671	0.873	1	91.8
1.85-1.89	6.2	0.659	3872	0.873	1	96.5
1.89-1.93	6.9	0.55	3954	0.914	1	99.1
1.93-1.97	7.3	0.462	4017	0.937	1	99.8
1.97-2.02	7.5	0.387	4046	0.948	1	100
2.02-2.07	7.6	0.294	3987	0.961	1	100
2.07-2.12	7.6	0.246	4016	0.959	1	100
2.12-2.18	7.6	0.211	4006	0.989	1	100
2.18-2.26	7.6	0.162	4000	1.013	1	100
2.26-2.34	7.7	0.129	4012	1.004	1	100
2.34-2.43	7.7	0.113	4018	1.008	1	100
2.43-2.54	7.7	0.093	3999	1.038	1	100
2.54-2.67	7.7	0.077	4040	1.069	1	100
2.67-2.84	7.7	0.062	3996	1.129	1	100
2.84-3.06	7.7	0.053	4044	1.306	1	100
3.06-3.37	7.7	0.053	3988	1.95	1	100
3.37-3.86	7.6	0.05	4008	2.788	1	100
3.86-4.86	7.4	0.032	4029	1.838	1	100
4.86-50	7.7	0.027	3975	1.697	1	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 38.02 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.08 Å
Translation	2.5 Å	32.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.2	位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.643 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	2094	5 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.229	41494	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.73 Å² / B_iso mean: 23.574 Å² / B_iso min: 4.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2453	0	6	233	2692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.963	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.519	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.449	22.869	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.36	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.036	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.116	3.5	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.473	50	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.436	50	992
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.179	4.5	953

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	155	-
R_work	0.346	2581	-
all	-	2736	-
obs	-	-	90.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.4838 Å / Origin y: -29.5436 Å / Origin z: 12.5613 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1343 Å²	0.0587 Å²	-0.1055 Å²	-	0.0392 Å²	-0.0371 Å²	-	-	0.1916 Å²
L	2.6224 °²	-0.9284 °²	0.4023 °²	-	0.4036 °²	-0.1522 °²	-	-	0.1626 °²
S	-0.2516 Å °	-0.1986 Å °	0.2747 Å °	0.1677 Å °	0.1132 Å °	-0.1524 Å °	-0.0996 Å °	-0.0397 Å °	0.1384 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 313
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	325 - 558

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