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- PDB-3hfr: Crystal structure of glutamate racemase from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hfr
タイトルCrystal structure of glutamate racemase from Listeria monocytogenes
要素Glutamate racemase
キーワードISOMERASE / glutamate racemase / structural genomics / SAD / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Peptidoglycan synthesis / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEF / Glutamate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Klimecka, M.M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Stam, J. / Otwinowski, Z. / Anderson, W.F. ...Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Klimecka, M.M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Stam, J. / Otwinowski, Z. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of glutamate racemase from Listeria monocytogenes
著者: Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Klimecka, M.M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Stam, J. / Otwinowski, Z. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Minor, W. / ...著者: Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Klimecka, M.M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Stam, J. / Otwinowski, Z. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02018年10月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate racemase
B: Glutamate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4908
ポリマ－59,5912
非ポリマー1,9006
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.651, 66.651, 257.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 Glutamate racemase


分子量: 29795.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: Listeria monocytogenes EGD-e / 遺伝子: lmo1237, murI, racE / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 star magic / 参照: UniProt: Q8Y7N7, glutamate racemase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE AVERAGE WEIGHT OF JEFFAMINE IS 2000

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Jeffamine ED-2001 pH 7.0, 0.1M Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 26802 / Num. obs: 26802 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 37.25
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1283 / Rsym value: 0.606 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000SOLVE/RESOLVE位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
Oモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0089精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 15.603 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.238
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24411 1348 5 %RANDOM
Rwork0.18844 ---
all0.19109 25407 --
obs0.19109 25407 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 37 240 4343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9835703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86336976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3895540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.17824.596161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81815745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5271520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.52661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1011.51087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71624313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26931550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0334.51387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3309 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.870.5
Bmedium thermal0.512
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 79 -
Rwork0.21 1822 -
obs--98.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5159-0.8705-0.67752.23760.1843.12860.0060.08180.3753-0.13370.0598-0.3593-0.1279-0.032-0.06580.17820.01450.00350.1335-0.04770.173514.93327.76858.216
21.8434-0.58490.45232.06790.12032.62930.0251-0.0633-0.3050.10670.1961-0.11240.2736-0.018-0.22110.15370.023-0.01870.1766-0.05180.190512.4313.95568.164
33.11560.714-1.26657.9175-2.751710.30870.08120.1661-0.0002-0.60540.11530.40130.2-0.6502-0.19650.2610.0225-0.05890.2942-0.07080.15726.32421.26847.867
42.5999-0.3517-1.595.87981.73137.30980.1478-0.07760.3280.06950.0712-0.0506-0.6776-0.3508-0.2190.26160.0542-0.06330.2969-0.0520.13967.34137.24691.859
51.7859-1.44744.49181.8223-4.733913.4444-0.1007-0.22470.38470.06910.43680.3855-0.6252-1.2367-0.33610.56660.23220.16120.51740.24890.90585.20944.02782.314
61.830.4624-0.30471.15390.21623.94710.0521-0.1397-0.00080.12680.0285-0.010.1293-0.3811-0.08060.17980.0478-0.02650.2232-0.02580.1276-2.70427.75387.491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3A234 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5B71 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6B91 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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