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- PDB-3hf4: Crystal structure of rat methemoglobin in R2 state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hf4
タイトルCrystal structure of rat methemoglobin in R2 state
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-1/2
  • Hemoglobin subunit beta-1
キーワードOXYGEN STORAGE / OXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / quaternary structure / heme / Rattus norvegicus / Iron / Metal-binding / Polymorphism / Transport / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin beta binding / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / response to stilbenoid / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding ...hemoglobin beta binding / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / response to stilbenoid / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hemopoiesis / oxygen transport / erythrocyte development / negative regulation of blood pressure / glutathione metabolic process / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / response to bacterium / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / amyloid-beta binding / in utero embryonic development / iron ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-1/2 / Hemoglobin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Neelagandan, K. / Sathya Moorthy, P. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Quaternary structural variability in rat hemoglobin
著者: Neelagandan, K. / Sathya Moorthy, P. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N.
履歴
登録2009年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42018年6月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52020年1月15日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.62023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-1/2
B: Hemoglobin subunit beta-1
E: Hemoglobin subunit alpha-1/2
F: Hemoglobin subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6578
ポリマ－62,1914
非ポリマー2,4664
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11090 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.140, 54.015, 115.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-1/2 / Hemoglobin alpha-1/2 chain / Alpha-1/2-globin


分子量: 15222.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: blood plasma / 組織: blood / 参照: UniProt: P01946
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta-1 / Hemoglobin beta-1 chain / Beta-1-globin / Hemoglobin beta chain / major-form


分子量: 15873.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: blood plasma / 組織: blood / 参照: UniProt: P02091
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM phosphate buffer, peg 6000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 15682 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.83 % / Rsym value: 0.1262 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.68 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1549 / Rsym value: 0.3198 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345researchデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3dht

3dht


解像度: 2.7→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 15.879 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27497 1559 10 %RANDOM
Rwork0.21301 ---
obs0.21906 14091 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4368 0 172 14 4554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0282.0556391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7825569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08624.108185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.00215727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.431512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22014
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2870.23182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2391.52886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.43524516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3932006
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6484.51867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 113 -
Rwork0.266 1013 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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