PDB-3hem: Structure of Mycobacterium tuberculosis Mycolic Acid Cyclopropane...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hem

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis Mycolic Acid Cyclopropane Synthase CmaA2 in Complex with Dioctylamine

要素

Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / Protein-ligand complex / Cytoplasm / Lipid synthesis / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / mycolate cell wall layer assembly / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / mycolic acid biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / lipid biosynthetic process / methylation / response to hypoxia ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Liu, Z. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis Mycolic Acid Cyclopropane Synthase CmaA2 in Complex with Dioctylamine
著者: Barkan, D. / Liu, Z. / Sacchettini, J.C. / Glickman, M.S.

履歴

登録	2009年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hem.cif.gz	71.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hem.ent.gz	53.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hem_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hem_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	3hem_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	3hem_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3hem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3hem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kpi-2 5yu3-2 2psh-d 4kxv-d 6jx2-2 5h3t-1 5h3s-2 5gxi-d 4kxw-d 6xn1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 2

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 2

ヘテロ分子

A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.857, 106.857, 224.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH
2	1	A-312- HOH

#1: タンパク質	Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 2 / Cyclopropane fatty acid synthase / CFA synthase / Cyclopropane mycolic acid synthase 2 分子量: 34642.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: cma2, cmaA2, MT0524, MTCY20G9.30c, Rv0503c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P0A5P0, UniProt: P9WPB5*PLUS, cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
#2: 化合物	ChemComp-D22 / N-octyloctan-1-amine / Dioctylamine / ジオクチルアミン分子量: 241.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₅N
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 23172 / B_iso Wilson estimate: 68.445 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PROCESS		データスケーリング
XFIT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→48.261 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	1183	5.11 %
R_work	0.243	-	-
obs	-	23159	88.3 %

溶媒の処理

B_sol: 60.738 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.09 Å² / B_iso mean: 65.993 Å² / B_iso min: 25.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.604 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.604 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-13.207 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→48.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2363	0	21	18	2402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.643	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.772	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.082	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.39-2.406	0.434	6	X-RAY DIFFRACTION	44	1
2.406-2.424	0.426	105	X-RAY DIFFRACTION	44	9
2.424-2.444	0.425	216	X-RAY DIFFRACTION	44	20
2.444-2.464	0.405	188	X-RAY DIFFRACTION	44	16
2.464-2.485	0.382	220	X-RAY DIFFRACTION	44	20
2.485-2.507	0.404	348	X-RAY DIFFRACTION	44	31
2.507-2.529	0.402	355	X-RAY DIFFRACTION	44	33
2.529-2.552	0.398	383	X-RAY DIFFRACTION	44	34
2.552-2.576	0.392	408	X-RAY DIFFRACTION	44	37
2.576-2.602	0.383	496	X-RAY DIFFRACTION	44	43
2.602-2.628	0.39	488	X-RAY DIFFRACTION	44	44
2.628-2.655	0.364	493	X-RAY DIFFRACTION	44	43
2.655-2.683	0.372	535	X-RAY DIFFRACTION	44	49
2.683-2.712	0.333	568	X-RAY DIFFRACTION	44	50
2.712-2.743	0.366	559	X-RAY DIFFRACTION	44	50
2.743-2.775	0.352	558	X-RAY DIFFRACTION	44	50
2.775-2.809	0.337	566	X-RAY DIFFRACTION	44	50
2.809-2.845	0.334	538	X-RAY DIFFRACTION	44	49
2.845-2.882	0.331	574	X-RAY DIFFRACTION	44	50
2.882-2.922	0.345	562	X-RAY DIFFRACTION	44	51
2.922-2.963	0.302	570	X-RAY DIFFRACTION	44	50
2.963-3.008	0.31	550	X-RAY DIFFRACTION	44	49
3.008-3.055	0.297	577	X-RAY DIFFRACTION	44	51
3.055-3.105	0.292	555	X-RAY DIFFRACTION	44	50
3.105-3.158	0.27	563	X-RAY DIFFRACTION	44	50
3.158-3.216	0.264	563	X-RAY DIFFRACTION	44	50
3.216-3.277	0.262	571	X-RAY DIFFRACTION	44	50
3.277-3.344	0.247	566	X-RAY DIFFRACTION	44	51
3.344-3.417	0.23	549	X-RAY DIFFRACTION	44	49
3.417-3.497	0.227	559	X-RAY DIFFRACTION	44	49
3.497-3.584	0.203	561	X-RAY DIFFRACTION	44	51
3.584-3.681	0.2	577	X-RAY DIFFRACTION	44	50
3.681-3.789	0.2	551	X-RAY DIFFRACTION	44	50
3.789-3.911	0.195	582	X-RAY DIFFRACTION	44	52
3.911-4.051	0.209	567	X-RAY DIFFRACTION	44	51
4.051-4.213	0.18	576	X-RAY DIFFRACTION	44	51
4.213-4.405	0.169	569	X-RAY DIFFRACTION	44	51
4.405-4.637	0.172	577	X-RAY DIFFRACTION	44	51
4.637-4.927	0.179	574	X-RAY DIFFRACTION	44	51
4.927-5.307	0.23	597	X-RAY DIFFRACTION	44	53
5.307-5.84	0.259	589	X-RAY DIFFRACTION	44	52
5.84-6.683	0.275	607	X-RAY DIFFRACTION	44	53
6.683-8.413	0.217	598	X-RAY DIFFRACTION	44	53
8.413-48.271	0.216	662	X-RAY DIFFRACTION	44	59

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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