PDB-3he3: Crystal Structure of UDP-galactopyranose mutase in complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3he3

タイトル

Crystal Structure of UDP-galactopyranose mutase in complex with UDP

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / inhibitor / UDP

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of substrate binding to UDP-galactopyranose mutase: crystal structures in the reduced and oxidized state complexed with UDP-galactopyranose and UDP.
著者: Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3he3.cif.gz	771.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3he3.ent.gz	636.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3he3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3he3_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3he3_full_validation.pdf.gz	6 MB	表示
XML形式データ	3he3_validation.xml.gz	141.6 KB	表示
CIF形式データ	3he3_validation.cif.gz	184.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3he3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3he3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hdqC 3hdyC 1v0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hdy-4 3hdy-1 3hdq-2 3hdq-5 3hdy-3 3hdy-2 3mj4-2 3mj4-4 3hdq-3 3mj4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

I: UDP-galactopyranose mutase

J: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

469 kDa, 10 ポリマー
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1

E: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 2 ポリマー
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2

A: UDP-galactopyranose mutase

I: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 2 ポリマー
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3

B: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

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4

C: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

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5

D: UDP-galactopyranose mutase

J: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 2 ポリマー
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6

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.050, 176.874, 222.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 45741.824 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_A0367 / プラスミド: pEHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q9RYF1, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1092 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M LiCl and 28% PEG 6000, pH 6.5, Microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月5日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.88 Å / Num. obs: 204114 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0.5 / Observed criterion σ(I): 0.5 / R_merge(I) obs: 0.182 / R_sym value: 0.182 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.49 % / R_merge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 66447 / R_sym value: 0.598 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1V0J

1v0j

解像度: 2.4→39.88 Å / SU ML: -0 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2538	10270	5.03 %
R_work	0.2085	-	-
obs	0.2108	203985	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.776 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29678	0	780	1092	31550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	31331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	42754
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.795	11160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	4451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5503

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.4139	317	0.3847	5885	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4273-2.4558	0.4097	293	0.3764	6065	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4558-2.4858	0.3909	304	0.3673	6128	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4858-2.5172	0.39	347	0.3629	6288	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5172-2.5503	0.4028	341	0.3404	6290	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5503-2.5853	0.3805	307	0.3381	6358	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5853-2.6222	0.3463	324	0.3093	6410	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6222-2.6613	0.3694	337	0.3123	6417	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6613-2.7029	0.3472	360	0.2925	6409	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7029-2.7472	0.344	309	0.2704	6525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7472-2.7946	0.307	341	0.2594	6497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7946-2.8454	0.3181	350	0.2635	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8454-2.9001	0.3161	380	0.2534	6425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9001-2.9593	0.3213	329	0.2501	6526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.0236	0.3134	323	0.2493	6530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.0939	0.3149	346	0.2417	6525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0939-3.1712	0.2813	368	0.2237	6463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1712-3.2569	0.2791	350	0.2162	6506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2569-3.3527	0.2552	332	0.2092	6547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3527-3.4609	0.2316	345	0.1861	6516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4609-3.5845	0.2455	367	0.1738	6493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5845-3.7279	0.2211	330	0.1719	6571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7279-3.8975	0.2024	327	0.157	6552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8975-4.1028	0.1956	337	0.1486	6583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1028-4.3595	0.1792	342	0.1349	6590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3595-4.6956	0.173	365	0.1284	6538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6956-5.1673	0.1806	362	0.1327	6626	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1673-5.9129	0.209	367	0.1604	6609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9129-7.4417	0.2121	365	0.1682	6701	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4417-39.8872	0.1882	405	0.1819	6642	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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