PDB-3hdy: Crystal Structure of UDP-galactopyranose mutase (reduced form) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hdy

タイトル

Crystal Structure of UDP-galactopyranose mutase (reduced form) in complex with substrate

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / reduced form / substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of substrate binding to UDP-galactopyranose mutase: crystal structures in the reduced and oxidized state complexed with UDP-galactopyranose and UDP.
著者: Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hdy.cif.gz	752.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hdy.ent.gz	622.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hdy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hdy_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hdy_full_validation.pdf.gz	7 MB	表示
XML形式データ	3hdy_validation.xml.gz	143.6 KB	表示
CIF形式データ	3hdy_validation.cif.gz	179.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hdqC 3he3C 1v0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mj4-4 3he3-1 3he3-4 3hdq-5 3he3-2 3mj4-2 3hdq-2 3he3-3 3mj4-3 3hdq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

I: UDP-galactopyranose mutase

J: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

471 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactopyranose mutase

I: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: UDP-galactopyranose mutase

J: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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5

E: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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6

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.820, 174.628, 218.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

5 homodimers

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 45741.824 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_A0367, DR_AO367 / プラスミド: pEHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q9RYF1, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.2 M LiCl and 28 % PEG 6000, Microbatch, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.94 Å / Num. obs: 189435 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0.5 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.187 / R_sym value: 0.187 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.34 % / R_merge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 78255 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1V0J

1v0j

解像度: 2.4→39.94 Å / SU ML: -0 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2801	9505	5.02 %
R_work	0.2355	-	-
obs	0.2377	189334	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 66.28 Å² / k_sol: 0.393 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29444	0	890	556	30890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	31240
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.749	42655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.081	11684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	4404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5484

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.4072	301	0.3735	5612	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4273-2.4558	0.3961	316	0.3575	5754	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4558-2.4858	0.3789	264	0.3415	5769	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4858-2.5172	0.3928	319	0.3366	5812	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5172-2.5504	0.3703	314	0.3352	5795	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5504-2.5853	0.3685	307	0.3395	5837	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5853-2.6222	0.3669	312	0.3111	5880	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6222-2.6613	0.3417	338	0.2966	5852	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6613-2.7029	0.3383	297	0.2902	5922	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7029-2.7472	0.3258	288	0.2855	5924	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7472-2.7946	0.3398	337	0.2794	5930	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7946-2.8454	0.3511	300	0.2718	5977	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8454-2.9001	0.3239	318	0.2567	6021	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9001-2.9593	0.2971	338	0.2485	5998	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9593-3.0236	0.3418	300	0.2594	6033	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0236-3.0939	0.3123	363	0.2499	6015	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0939-3.1713	0.3134	303	0.2355	6066	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1713-3.257	0.2845	325	0.2346	6062	X-RAY DIFFRACTION	97
3.257-3.3528	0.3065	309	0.2369	6088	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3528-3.4609	0.2627	324	0.2136	6057	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4609-3.5845	0.2787	324	0.2161	6096	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5845-3.728	0.3056	320	0.2543	6125	X-RAY DIFFRACTION	98
3.728-3.8975	0.3111	315	0.255	6126	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8975-4.1028	0.2381	317	0.1989	6129	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1028-4.3595	0.2152	348	0.172	6147	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3595-4.6957	0.2393	321	0.2027	6160	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6957-5.1673	0.1885	331	0.1671	6166	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1673-5.913	0.24	317	0.1912	6198	X-RAY DIFFRACTION	97
5.913-7.4418	0.2281	319	0.1932	6184	X-RAY DIFFRACTION	96
7.4418-39.9422	0.1914	320	0.1736	6094	X-RAY DIFFRACTION	92

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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