PDB-3hdu: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIOESTERASE (SYN_01977) FROM SYN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hdu

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIOESTERASE (SYN_01977) FROM SYNTROPHUS ACIDITROPHICUS SB AT 2.50 A RESOLUTION

要素

putative thioesterase

キーワード

HYDROLASE / PUTATIVE THIOESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

thiolester hydrolase activity / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Hypothetical cytosolic protein

機能・相同性情報

生物種

Syntrophus aciditrophicus SB (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative thioesterase (YP_461911.1) from SYNTROPHUS ACIDITROPHICUS SB at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hdu.cif.gz	97.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hdu.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hdu_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hdu_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	3hdu_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	3hdu_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4f3r-5 4f3r-4 1q1b-1 5ts2-d 2eys-2 3l92-1 6ckw-1 3hze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 379820

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative thioesterase

B: putative thioesterase

C: putative thioesterase

54.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative thioesterase

B: putative thioesterase

C: putative thioesterase

A: putative thioesterase

B: putative thioesterase

C: putative thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.165, 117.165, 71.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	A	A	9 - 110	10 - 111
2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	B	B	9 - 110	10 - 111
3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	C	C	9 - 110	10 - 111
1	2	ARG	ARG	VAL	VAL	6	A	A	111 - 156	112 - 157
2	2	ARG	ARG	VAL	VAL	6	B	B	111 - 156	112 - 157
3	2	ARG	ARG	VAL	VAL	6	C	C	111 - 156	112 - 157

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	putative thioesterase 分子量: 18020.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Syntrophus aciditrophicus SB (バクテリア) 遺伝子: SYNAS_18640, SYN_01977, YP_461911.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q2LUI2
Has protein modification	Y
配列の詳細	SEQUENCE THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10.0000% MPD, 0.1M Citrate pH 5.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97964,0.97949

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月16日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97964	1
3	0.97949	1

反射

解像度: 2.5→29.591 Å / Num. obs: 17799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 60.865 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.56	7.3	0.806	2.4	9445	1288	0.806	100
2.56-2.64	7.4	0.641	3.1	9165	1246	0.641	100
2.64-2.71	7.3	0.555	3.5	8999	1226	0.555	100
2.71-2.8	7.3	0.446	4.3	8701	1187	0.446	100
2.8-2.89	7.3	0.325	5.9	8436	1156	0.325	100
2.89-2.99	7.3	0.273	7	8285	1133	0.273	100
2.99-3.1	7.3	0.218	8.9	7836	1069	0.218	100
3.1-3.23	7.3	0.16	11.9	7569	1039	0.16	100
3.23-3.37	7.3	0.132	14.4	7278	1002	0.132	100
3.37-3.54	7.3	0.104	18.1	7067	973	0.104	100
3.54-3.73	7.2	0.078	23.8	6642	919	0.078	100
3.73-3.95	7.2	0.069	26.7	6229	867	0.069	100
3.95-4.23	7.2	0.063	31.4	5967	833	0.063	100
4.23-4.56	7.2	0.053	36.1	5479	766	0.053	100
4.56-5	7.1	0.05	39.1	5055	712	0.05	100
5-5.59	7	0.052	36.8	4578	658	0.052	100
5.59-6.45	6.8	0.063	34.1	4007	586	0.063	100
6.45-7.91	6.5	0.064	35.8	3285	509	0.064	100
7.91-11.18	6.3	0.045	42.2	2503	398	0.045	100
11.18-29.59	5.7	0.043	39.3	1316	232	0.043	93.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.591 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 23.429 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.635 / ESU R Free: 0.296
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	903	5.1 %	RANDOM
R_work	0.237	-	-	-
obs	0.238	17760	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.56 Å² / B_iso mean: 74.556 Å² / B_iso min: 62.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3386	0	0	0	3386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.984	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.211	3	5766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.812	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.122	24.741	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.051	15	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.167	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.131	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.119	0.2	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.136	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.066	0.2	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.054	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.068	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.091	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.061	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.504	2	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.079	2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.854	3	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.353	2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.547	3	1090

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	588	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	B	588	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
3	C	588	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	A	1147	LOOSE POSITIONAL	0.28	5
2	B	1147	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
3	C	1147	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
1	A	588	MEDIUM THERMAL	0.22	2
2	B	588	MEDIUM THERMAL	0.2	2
3	C	588	MEDIUM THERMAL	0.22	2
1	A	1147	LOOSE THERMAL	0.66	10
2	B	1147	LOOSE THERMAL	0.48	10
3	C	1147	LOOSE THERMAL	0.65	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	69	-
R_work	0.306	1217	-
all	-	1286	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9485	0.1355	0.5222	3.7394	-0.9847	4.1829	0.0311	-0.299	-0.3334	0.3489	-0.0309	-0.7175	0.0568	0.3965	-0.0002	-0.218	0.0273	-0.0777	-0.1178	-0.0279	-0.1357	107.4526	79.5737	40.6502
2	2.4612	-0.0955	0.5086	4.8539	-1.1377	4.9004	0.0589	0.6167	-0.1499	-0.7778	-0.0774	-0.6091	-0.0338	0.1914	0.0185	-0.1566	0.0386	0.0361	-0.0243	-0.05	-0.1629	101.5738	84.5936	19.508
3	2.6574	-0.6797	-0.1743	3.7446	0.8914	8.0383	0.0719	0.4156	-0.3642	-0.4108	-0.1792	0.8151	0.2614	-0.9802	0.1073	-0.1905	-0.0196	-0.1245	-0.1218	-0.0293	0.0595	69.9389	76.0391	24.6742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 156

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)