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- PDB-3hd8: Crystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-IIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hd8
タイトルCrystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-IIA in complex with bacillus subtilis xylanase
要素
  • Endo-1,4-beta-xylanase A
  • Xylanase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / TWO BETA-BARREL DOMAIN / BETA-JELLY ROLL / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE COMPLEX / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / Xylan degradation / Glycosidase / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Xylanase inhibitor, C-terminal / Xylanase inhibitor I-like / Xylanase inhibitor C-terminal / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. ...Xylanase inhibitor, C-terminal / Xylanase inhibitor I-like / Xylanase inhibitor C-terminal / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Sansen, S. / Pollet, A. / Raedschelders, G. / Gebruers, K. / Rabijns, A. / Courtin, C.M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Identification of structural determinants for inhibition strength and specificity of wheat xylanase inhibitors TAXI-IA and TAXI-IIA
著者: Pollet, A. / Sansen, S. / Raedschelders, G. / Gebruers, K. / Rabijns, A. / Delcour, J.A. / Courtin, C.M.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylanase inhibitor
B: Endo-1,4-beta-xylanase A
C: Xylanase inhibitor
D: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4224
ポリマ－121,4224
非ポリマー00
水75742
1
A: Xylanase inhibitor
B: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7112
ポリマ－60,7112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Xylanase inhibitor
D: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7112
ポリマ－60,7112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.351, 60.300, 134.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1110A1 - 389
2110C1 - 389
1120B1 - 185
2120D1 - 185

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Xylanase inhibitor / Xylanase Inhibitor IIA


分子量: 40302.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 遺伝子: XYNA / プラスミド: pPICZaC / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q53IQ4
#2: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A


分子量: 20409.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: xynA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細BASED ON THE PAPER (PMID: 16084833) DESCRIBING THE TAXI-IIA SEQUENCE (CHAINS A AND C) THE CORRECT ...BASED ON THE PAPER (PMID: 16084833) DESCRIBING THE TAXI-IIA SEQUENCE (CHAINS A AND C) THE CORRECT SEQUENCE SHOULD BE GLU1, PRO163 AND LEU314. FOR THE XYLANASE (CHAINS B AND D) RESIDUE 147 SHOULD BE SERINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.18M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 48031 / Num. obs: 45604 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 955 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1T6E for chains A and C; 1C5H for the chains B and D

1t6e

1c5h


解像度: 2.39→38.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.539 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27459 2427 5.1 %RANDOM
Rwork0.22344 ---
obs0.22601 44570 98.77 %-
all-45713 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.7 Å2 / Biso mean: 38.726 Å2 / Biso min: 15.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å21.15 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→38.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 0 42 8282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0218474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2371.94211588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.222317328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.19151096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2650.28523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.10.25130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3470.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3510.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0680.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0631.55468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95128768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63133006
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.314.52820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A5199TIGHT POSITIONAL0.070.05
1A5199TIGHT THERMAL0.40.5
2B2636TIGHT POSITIONAL0.080.05
2B2636TIGHT THERMAL0.370.5
LS精密化 シェル解像度: 2.387→2.448 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.403 153
Rwork0.364 2935
all-3088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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