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万見
- PDB-3hcg: Structure of the C-terminal domain (MsrB) of Neisseria meningitid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcg
タイトルStructure of the C-terminal domain (MsrB) of Neisseria meningitidis PilB (reduced form)
要素Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
キーワードOXIDOREDUCTASE / PilB / Methionine sulfoxide reductase B / reduced form / Disulfide bond / Electron transport / Multifunctional enzyme / Redox-active center / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine:thioredoxin-disulfide S-oxidoreductase activity / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein repair / protein modification process / response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A ...Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Beta Complex / Thioredoxin-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Ranaivoson, F.M. / Kauffmann, B. / Favier, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Methionine sulfoxide reductase B displays a high level of flexibility.
著者: Ranaivoson, F.M. / Neiers, F. / Kauffmann, B. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Favier, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the peptide methionine sulfoxide reductase B domain of Neisseria meningitidis PILB.
著者: Kauffmann, B. / Favier, F. / Olry, A. / Boschi-Muller, S. / Carpentier, P. / Branlant, G. / Aubry, A.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
B: Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
C: Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
D: Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2537
ポリマ－65,9684
非ポリマー2853
水13,457747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.663, 117.232, 137.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB / Peptide-methionine (R)-S-oxide reductase


分子量: 16491.961 Da / 分子数: 4 / 断片: MsrB domain (UNP residues 377-522) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)
株: Z2491 / 遺伝子: msrAB, NMA0290, pilB / プラスミド: pSKPILBMsrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BE002
参照: UniProt: Q9JWM8, peptide-methionine (R)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0,5M KH2PO4, 0.1M TRIS HCl pH 8 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9791, 0.9796, 0.9765
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97961
30.97651
反射解像度: 1.82→30 Å / Num. obs: 62578 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Xnemoデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.82→24.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3002 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.2 64358 --
obs0.188 59068 91.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.44 Å2 / Biso mean: 24.031 Å2 / Biso min: 9.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→24.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4566 0 15 747 5328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9516513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0885597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60823.586237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67615773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5241530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23341
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.52942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43724734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50731861
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7974.51779
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 200 -
Rwork0.251 3689 -
all-3889 -
obs-3889 83.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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