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万見
- PDB-3hb5: Binary and ternary crystal structures of a novel inhibitor of 17 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hb5
タイトルBinary and ternary crystal structures of a novel inhibitor of 17 beta-HSD type 1: a lead compound for breast cancer therapy
要素Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / 17beta-HSD1 / Cytoplasm / Lipid synthesis / NADP / Polymorphism / Steroid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / small molecule binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E2B / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mazumdar, M. / Lin, S.-X.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Binary and ternary crystal structure analyses of a novel inhibitor with 17beta-HSD type 1: a lead compound for breast cancer therapy.
著者: Mazumdar, M. / Fournier, D. / Zhu, D.W. / Cadot, C. / Poirier, D. / Lin, S.X.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年4月4日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0373
ポリマ－34,8881
非ポリマー1,1492
水1,69394
1
X: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子

X: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0746
ポリマ－69,7762
非ポリマー2,2984
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.200, 44.000, 60.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / E2DH


分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: protein purified from human placenta / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-E2B / 3-{[(9beta,14beta,16alpha,17alpha)-3,17-dihydroxyestra-1,3,5(10)-trien-16-yl]methyl}benzamide / 3-[[3,17β-ジヒドロキシエストラ-1(10),2,4-トリエン-16β-イル]メチル]ベンズアミド


分子量: 405.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→19.94 Å / Num. obs: 21662 / Net I/σ(I): 0.037

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→19.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.862 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24843 1084 5 %RANDOM
Rwork0.20179 ---
obs0.20414 20578 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.03 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.055 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 0 78 94 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1352.0273143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6645283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37522.28392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.52415371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.431522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21547
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.31.51465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08222270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2653956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7764.5873
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 76 -
Rwork0.25 1440 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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