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- PDB-3hb0: Structure of edeya2 complexed with bef3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hb0
タイトルStructure of edeya2 complexed with bef3
要素Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / histone H2AXY142 phosphatase activity / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of DNA repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / histone H2AXY142 phosphatase activity / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of DNA repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cell differentiation / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12350 / EYA domain / Eyes absent family / EYA domain superfamily / EYA domain, metazoan / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Protein phosphatase EYA2 / Protein phosphatase EYA2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jung, S.K. / Jeong, D.G. / Ryu, S.E. / Kim, S.J.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of ED-Eya2: insight into dual roles as a protein tyrosine phosphatase and a transcription factor
著者: Jung, S.K. / Jeong, D.G. / Chung, S.J. / Kim, J.H. / Park, B.C. / Tonks, N.K. / Ryu, S.E. / Kim, S.J.
履歴
登録2009年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
B: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
C: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
D: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,63512
ポリマ－124,2734
非ポリマー3618
水2,504139
1
A: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1593
ポリマ－31,0681
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1593
ポリマ－31,0681
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1593
ポリマ－31,0681
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Eyes absent homolog 2 (Drosophila)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1593
ポリマ－31,0681
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.002, 184.002, 119.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質
Eyes absent homolog 2 (Drosophila)


分子量: 31068.354 Da / 分子数: 4 / 断片: Eya domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86U84, UniProt: O00167*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.4M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 69154 / Num. obs: 68947 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6733 / Num. unique obs: 6842 / Rsym value: 0.386

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
CNS精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GEB

3geb


解像度: 2.5→40 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 3281 -random
Rwork0.224 ---
all0.228 69110 --
obs0.228 64507 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8289 0 20 139 8448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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