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- PDB-3ha2: Crystal Structure of Protein (NADPH-quinone reductase) from P.pen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ha2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Protein (NADPH-quinone reductase) from P.pentosaceus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PtR24A | ||||||
![]() | NADPH-quinone reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics / Consortium / NESG / PtR24A / Northeast Structural Genomics Consortium / Flavoprotein | ||||||
Function / homology | Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative NADPH-quinone reductase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Northeast Structural Genomics Consortium Target PtR24A Authors: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 78.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 64.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20530.416 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: PEPE_1665 / Plasmid: pET 21-23C / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 14% PEG4K 0.1M bis-tris 0.1M MgSO4, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2009 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→50 Å / Num. obs: 74707 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 65 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.82 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 83.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.166 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→19.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 19.6063 Å / Origin y: 35.4724 Å / Origin z: 80.1051 Å
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Refinement TLS group |
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