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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h9v | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ATP-gated P2X4 ion channel in the closed, apo state at 3.1 Angstroms | |||||||||
要素 | P2X purinoceptor | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / P2X / Purinergic receptor / ion channel / closed state / apo state / Ion transport / Ionic channel / Receptor / Transmembrane / Transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport ...Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / calcium ion transmembrane transport / calcium ion transport / postsynapse / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kawate, T. / Michel, J.C. / Gouaux, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of the ATP-gated P2X(4) ion channel in the closed state. 著者: Kawate, T. / Michel, J.C. / Birdsong, W.T. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h9v.cif.gz | 75.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h9v.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3h9v_validation.pdf.gz | 921.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3h9v_full_validation.pdf.gz | 934 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3h9v_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3h9v_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h9v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40297.004 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-381 / 変異: C51F,N78K,N187R,H252R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: p2rx4a, P2X4.1 / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q6NYR1 | ||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4 詳細: 20% PEG 2,000, 300mM Mg(NO3)2, and 100mM Tris pH 8.4, and 1mM GdCl3, vapor diffusion, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2009年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 14414 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 97.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 69.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→29.109 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.79 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.839 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.646 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.109 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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