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- PDB-3h9a: Crystal structure of BacB, an enzyme involved in Bacilysin synthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h9a
タイトルCrystal structure of BacB, an enzyme involved in Bacilysin synthesis, in triclinic form
要素Bacilysin biosynthesis protein bacB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / BacB / YwfC / Bacilysin synthesis / Anticapsin synthesis / Bi-cupin / Double stranded beta helix / Antibiotic biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-[(4R)-4-hydroxycyclohexa-1,5-dien-1-yl]-2-oxopropanoate isomerase / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / cobalt ion binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / H2HPP isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Rajavel, M. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Analysis of multiple crystal forms of Bacillus subtilis BacB suggests a role for a metal ion as a nucleant for crystallization
著者: Rajavel, M. / Gopal, B.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacilysin biosynthesis protein bacB
B: Bacilysin biosynthesis protein bacB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7339
ポリマ－57,1132
非ポリマー6207
水3,189177
1
A: Bacilysin biosynthesis protein bacB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8945
ポリマ－28,5561
非ポリマー3384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacilysin biosynthesis protein bacB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8384
ポリマ－28,5561
非ポリマー2823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.252, 47.198, 62.906
Angle α, β, γ (deg.)89.05, 77.27, 82.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bacilysin biosynthesis protein bacB


分子量: 28556.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ywfC, bacB / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: P39639
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-PPY / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / フェニルピルビン酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M Tris, 10% PEG 8000, 45% MPD, 0.2M NaCl, pH 6.8, Micro batch, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→30.67 Å / Num. obs: 30450 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 66535
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3593 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H7Y

3h7y


解像度: 2.04→30.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.619 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26192 1537 5 %RANDOM
Rwork0.20568 ---
obs0.20851 28910 93.26 %-
all-30450 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20.19 Å20.01 Å2
2---0.07 Å2-0.24 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→30.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3608 0 29 177 3814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.961.9635034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0915448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90224.333180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.81215646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7991522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3421.52244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66323660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11431478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7484.51374
LS精密化 シェル解像度: 2.042→2.095 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 99 -
Rwork0.258 1865 -
obs--81.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0031-1.02320.09851.70530.42941.2402-0.0201-0.0202-0.06720.0211-0.01650.1122-0.08840.01170.03660.0373-0.04090.0010.05580.01270.0878-19.44930.9875-8.9323
21.7758-0.8997-0.63831.66720.77823.0265-0.10510.0924-0.0787-0.0966-0.0930.13770.11170.10590.19820.0892-0.01470.02250.05170.00590.0357-38.137416.0593-36.4741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 110
2X-RAY DIFFRACTION1A115 - 225
3X-RAY DIFFRACTION2B10 - 110
4X-RAY DIFFRACTION2B115 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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