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万見
- PDB-3h8f: High pH native structure of leucine aminopeptidase from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h8f
タイトルHigh pH native structure of leucine aminopeptidase from Pseudomonas putida
要素Cytosol aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Aminopeptidase / Manganese / Metal-binding / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases ...Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / : / : / Cytosol aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kale, A. / Dijkstra, B.W. / Sonke, T. / Thunnissen, A.M.W.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the leucine aminopeptidase from Pseudomonas putida reveals the molecular basis for its enantioselectivity and broad substrate specificity.
著者: Kale, A. / Pijning, T. / Sonke, T. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosol aminopeptidase
B: Cytosol aminopeptidase
C: Cytosol aminopeptidase
D: Cytosol aminopeptidase
E: Cytosol aminopeptidase
F: Cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,51130
ポリマ－315,1886
非ポリマー1,32324
水12,647702
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26090 Å2
ΔGint-343 kcal/mol
Surface area101570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.786, 95.931, 96.308
Angle α, β, γ (deg.)68.43, 76.31, 94.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase


分子量: 52531.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: ATCC12633 / 遺伝子: pepA / プラスミド: pTrpLAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O86436, leucyl aminopeptidase

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非ポリマー , 5種, 726分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 15% (w/v) PEG 1500, 0.1 M PCB (Propionic acid, cacodylate, Bis-Tris Propane system) cocktail buffer, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→91.287 Å / Num. obs: 166778 / % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / % possible all: 96.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å47.45 Å
Translation2.2 Å47.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0022精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.65 / SU B: 14.684 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25139 14334 9.9 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.19778 130065 93.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.11 Å2-0.03 Å2
2---0.02 Å20.04 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22092 0 42 702 22836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02222442
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.98730350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26152976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.86424.718852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.911153890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.24415126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.23522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.310358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.515001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.51670
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.3257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.514712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32223309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14737730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4684.57041
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 716 -
Rwork0.271 6725 -
obs--65.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46280.05720.22730.58620.13050.1683-0.0588-0.14290.0313-0.00360.02070.0014-0.0265-0.08140.0380.0484-0.00760.00310.0994-0.01850.0149-60.6667.31373.249
20.6584-0.2693-0.01170.2801-0.08660.1292-0.00540.1304-0.2059-0.0023-0.02470.0159-0.0204-0.02490.03010.0213-0.01270.01780.0428-0.06130.1026-23.192-34.88229.721
30.78020.13230.11230.25090.08950.1020.03070.14120.0824-0.0081-0.0328-0.0029-0.0079-0.02720.00210.0623-0.00650.01610.08730.02950.0175-62.9514.83732.235
40.6462-0.244-0.16450.31930.01580.2179-0.0229-0.1962-0.1210.00060.0005-0.02610.02020.01280.02240.0315-0.0111-0.00340.11810.08040.0589-17.056-28.42975.897
50.3747-0.2085-0.01330.43510.33390.4339-0.0145-0.04950.0944-0.01080.0521-0.1367-0.02250.018-0.03760.0393-0.02680.00310.0299-0.02380.0796-15.2410.66861.88
60.8591-0.13480.25810.0847-0.02970.55670.00720.0401-0.3259-0.0095-0.0031-0.0121-0.0248-0.0478-0.00410.0357-0.0220.00160.0285-0.02870.2085-61.994-40.73443.48
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 497
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 497
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 497
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 497
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 497
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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