PDB-3h8a: Crystal structure of E. coli enolase bound to its cognate RNase E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h8a

タイトル

Crystal structure of E. coli enolase bound to its cognate RNase E recognition domain

要素

Enolase
RNase E

キーワード

Lyase/Protein binding / Glycolytic enzyme / protein-protein interaction / Lyase / Metal-binding / Lyase-Protein binding COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / bacterial degradosome / ribonuclease E / ribonuclease E activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nurmohamed, S. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Molecular recognition between Escherichia coli enolase and ribonuclease E.
著者: Nurmohamed, S. / McKay, A.R. / Robinson, C.V. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2009年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h8a.cif.gz	354.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h8a.ent.gz	286.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h8a_validation.pdf.gz	473 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h8a_full_validation.pdf.gz	511.3 KB	表示
XML形式データ	3h8a_validation.xml.gz	77.3 KB	表示
CIF形式データ	3h8a_validation.cif.gz	111.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/3h8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/3h8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e9iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ojw-d 5yf9-d 2pyj-2 2a9b-1 2i5q-d 2pu0-1 3otr-2 1te6-d 1e9i-1 1pdz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

C: Enolase

D: Enolase

E: RNase E

F: RNase E

ヘテロ分子

189 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enolase

B: Enolase

E: RNase E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Enolase

D: Enolase

F: RNase E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.883, 110.207, 160.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enolase / 2-phosphoglycerate dehydratase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase 分子量: 45709.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6P9, phosphopyruvate hydratase
#2: タンパク質・ペプチド	RNase E 分子量: 3041.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence occurs naturally in E. coli / 参照: UniProt: P21513*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 1.6 M NH4SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→24.89 Å / Num. obs: 136948 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
X-PLOR		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1E9I

1e9i

解像度: 1.9→24.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 3.261 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	7228	5 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.18	136948	99 %	-
all	-	144255	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13109	0	2	1252	14363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	13257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.57	1.97	17880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.736	5	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.229	25.849	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.855	15	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.554	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	7140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.959	1.5	9017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.474	2	13820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.462	3	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.86	4.5	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	471	-
R_work	0.278	9150	-
obs	-	-	90.56 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)