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- PDB-3h87: Rv0301 Rv0300 Toxin Antitoxin Complex from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h87
タイトルRv0301 Rv0300 Toxin Antitoxin Complex from Mycobacterium tuberculosis
要素(Putative uncharacterized ...) x 2
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin antitoxin complex / VapBC complex / RHH motif / structural genomics / tuberculosis / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ribonuclease activity / RNA nuclease activity / positive regulation of translation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
PIN domain / VapC family / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain ...PIN domain / VapC family / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / IMIDAZOLE / Antitoxin VapB2 / Ribonuclease VapC2 / Ribonuclease VapC2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Min, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the Rv0301-Rv0300 VapBC-3 toxin-antitoxin complex from M. tuberculosis reveals a Mg(2+) ion in the active site and a putative RNA-binding site.
著者: Min, A.B. / Miallau, L. / Sawaya, M.R. / Habel, J. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年11月7日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,00612
ポリマ－51,3744
非ポリマー6328
水7,837435
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,01324
ポリマ－102,7498
非ポリマー1,26416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)85.557, 85.557, 155.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-268-

HOH

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要素

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Putative uncharacterized ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 17586.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Rv0301 Toxin
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT0314, Rv0301 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: O07228, UniProt: P9WFB9*PLUS
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 8100.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Rv0300 Antitoxin
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0300 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: O07227

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非ポリマー , 5種, 443分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 200mM Potassium Acetate, 7.5% PEG-3350, 50mM Tris, 500mM NaCl, 140mM Imidazole, 10mM TCEP, beta-mercaptoethanol, pH 7.0, microbatch, under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 11.3 % / Av σ(I) over netI: 36.9 / 数: 1030128 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.98 / D res high: 1.85 Å / D res low: 80 Å / Num. obs: 91363 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.998099.910.0440.9911.4
3.163.9910010.060.97711.3
2.763.1610010.0781.03611.3
2.512.7610010.0840.93611.2
2.332.5110010.0951.02711.2
2.192.3310010.1160.97511.2
2.082.1910010.1520.95511.3
1.992.0810010.2010.97811.3
1.921.9910010.2780.98911.3
1.851.9210010.40.94411.3
反射解像度: 1.49→80 Å / Num. all: 94698 / Num. obs: 94698 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 9323 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 68029
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.94-10022.70.653527
6.32-8.9427.60.865859
5.16-6.3232.60.8511077
4.47-5.1625.40.8941262
4-4.4722.60.9211403
3.65-423.50.9011558
3.38-3.6524.20.9081649
3.16-3.3825.30.9011796
2.98-3.1625.30.9041897
2.83-2.9825.40.8951977
2.7-2.8325.40.8992110
2.58-2.724.80.9062180
2.48-2.5824.70.9062263
2.39-2.48250.92357
2.31-2.39230.9112426
2.24-2.3123.90.9042512
2.17-2.2424.10.9092573
2.11-2.1724.10.8992678
2.05-2.11240.8992732
2-2.0523.90.92795
1.95-224.30.8852858
1.91-1.9524.20.8692943
1.86-1.9124.90.8723019
1.83-1.86250.8573072
1.79-1.8326.60.8373099
1.75-1.79270.8243184
1.72-1.7527.80.8053239
1.69-1.7229.10.7813303
1.65-1.6931.30.7344681

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→60.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.196 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.912 / SU B: 1.528 / SU ML: 0.03 / SU R Cruickshank DPI: 0.054 / SU Rfree: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 4796 5.1 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 94557 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.78 Å2 / Biso mean: 20.866 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→60.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3278 0 40 435 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213421
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9864640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87435849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9535432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.58421.553161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23715598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4491555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.76622114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5552846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78233417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73221307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.25231215
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 334 -
Rwork0.213 6586 -
all-6920 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53090.1477-0.07390.89560.34052.3094-0.09550.373-0.1832-0.20330.0494-0.00920.1021-0.05310.046-0.1223-0.04080.0104-0.0995-0.0242-0.183638.78318.17933.22
21.1453-0.029-0.36810.71270.10211.4731-0.05940.0855-0.1084-0.0854-0.00050.10190.1252-0.17050.0599-0.2116-0.0269-0.0016-0.1330.0038-0.175830.13819.67647.195
31.1913-0.35740.13340.82780.46332.7472-0.0409-0.14870.04520.1230.0882-0.01410.06710.1154-0.0473-0.22430.0289-0.0013-0.14570.0007-0.216851.30627.78869.893
41.90360.5446-0.08531.23880.58731.2383-0.0209-0.0647-0.11240.1298-0.04130.08440.1018-0.10840.0622-0.2020.00970.008-0.17710.0144-0.206337.20824.64865.636
51.0435-0.2834-1.22230.59850.41892.9304-0.08760.0308-0.0158-0.02540.0187-0.08420.15790.14340.0689-0.21390.00650.014-0.17970.0041-0.198449.54225.92250.271
61.1994-0.052-0.15641.3178-0.18461.816-0.0308-0.0081-0.0542-0.0232-0.0092-0.0790.06490.1370.04-0.24170.01170.0098-0.18130.0102-0.213854.27824.6854.899
72.943-0.6289-0.90494.8768-1.242113.2878-0.2276-0.3405-0.25080.54670.1164-0.10890.96540.40620.1112-0.09010.0802-0.0055-0.02850.0146-0.143458.63821.11869.681
844.132227.40515.699532.42397.95139.35790.8336-0.03121.4087-0.5727-1.34940.7218-0.2766-0.28670.51580.35490.37160.16210.11260.15050.062833.85454.98454.637
92.02161.69020.751612.27716.38293.5980.1884-0.20740.2162-0.45190.0806-0.1049-0.86510.1111-0.2690.2091-0.01690.2747-0.08110.05540.063649.73249.12451.466
103.2673-1.9228-4.12594.9716-0.685211.31410.50490.32010.1978-0.5372-0.3649-0.1994-0.8942-0.3258-0.14-0.02430.0880.0251-0.12390.0221-0.168940.11443.12654.598
110.3405-0.12820.28580.94130.61792.65520.00220.001-0.14120.22850.0947-0.0760.47130.0853-0.0969-0.15740.01950.0077-0.1557-0.0018-0.140642.20919.27567.843
1228.982516.5144-6.12517.7077-4.36857.5011-0.4277-1.2257-0.4081.39560.56750.8039-0.2983-0.693-0.13980.19150.36550.21980.44110.14290.041832.06549.51327.701
133.1991-1.12112.8233.2945-0.445811.0697-0.254-0.25260.24780.32030.216-0.0539-0.5472-0.48930.038-0.1010.0876-0.0052-0.08790.0034-0.161338.70253.3812.952
142.23130.8660.68338.9784-4.39223.7614-0.0764-0.2864-0.46840.10860.34870.14420.1868-0.5942-0.2724-0.127-0.0145-0.00850.05080.0898-0.047334.10640.07114.561
151.86060.23851.53342.15532.29464.75780.16570.0091-0.34380.0890.0915-0.09170.857-0.2216-0.25730.0181-0.03920.0256-0.0552-0.02020.021943.21810.48135.622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2A63 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4B31 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5B61 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6B95 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7B130 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8C2 - 7
9X-RAY DIFFRACTION9C8 - 25
10X-RAY DIFFRACTION10C26 - 42
11X-RAY DIFFRACTION11C43 - 73
12X-RAY DIFFRACTION12D2 - 8
13X-RAY DIFFRACTION13D9 - 23
14X-RAY DIFFRACTION14D24 - 45
15X-RAY DIFFRACTION15D46 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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