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- PDB-3h52: Crystal structure of the antagonist form of human glucocorticoid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h52
タイトルCrystal structure of the antagonist form of human glucocorticoid receptor
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Nuclear receptor corepressor 1
キーワードHORMONE RECEPTOR / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / NUCLEAR RECEPTOR / PEPTIDE COMPLEX / HORMONE RECEPTOR 3
機能・相同性
機能・相同性情報


NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process ...NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / negative regulation of JNK cascade / astrocyte differentiation / negative regulation of glycolytic process / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / nuclear thyroid hormone receptor binding / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of fatty acid metabolic process / regulation of gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / locomotor rhythm / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / spindle assembly / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TBP-class protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of miRNA transcription / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / nuclear receptor binding / HDACs deacetylate histones / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / Hsp90 protein binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / mitotic spindle / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / spindle / HCMV Early Events / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SANT/Myb domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Helix non-globular / Homeobox-like domain superfamily / Special / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-486 / Nuclear receptor corepressor 1 / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schoch, G.A. / Benz, J. / D'Arcy, B. / Stihle, M. / Burger, D. / Thoma, R. / Ruf, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular switch in the glucocorticoid receptor: active and passive antagonist conformations
著者: Schoch, G.A. / D'Arcy, B. / Stihle, M. / Burger, D. / Bar, D. / Benz, J. / Thoma, R. / Ruf, A.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
C: Glucocorticoid receptor
D: Glucocorticoid receptor
N: Nuclear receptor corepressor 1
M: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,17611
ポリマ－121,3656
非ポリマー1,8105
水48627
1
A: Glucocorticoid receptor
D: Glucocorticoid receptor
N: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5425
ポリマ－60,6833
非ポリマー8592
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
2
B: Glucocorticoid receptor
C: Glucocorticoid receptor
M: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6346
ポリマ－60,6833
非ポリマー9513
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.530, 99.530, 252.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細FOUR COPIES OF THE RECEPTOR IN ASU. TWO PAIRS OF HOMODIMERS OF THE RECEPTOR ARE INVOLVED IN A PROPER DOMAIN SWAP INVOLVING THE N-TERMINAL 527-553 AMINO ACIDS. NO EVIDENCE THAT THIS HOMODIMER IS BIOLOGICALLY RELEVANT. THE INTERACTION FORMED BETWEEN RECEPTOR AND NCOR PEPTIDE IS BIOLOGICALLY RELEVANT.

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要素

#1: タンパク質
Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29315.096 Da / 分子数: 4 / 断片: Steroid-binding domain, UNP residues 528-777 / 変異: F602S,C638D,W712S, E684A, E688A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR1 / N-CoR


分子量: 2052.354 Da / 分子数: 2 / 断片: CORNR box 3, UNP residues 2258-2276 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: O75376
#3: 化合物
ChemComp-486 / 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE / RU-486 / MIFEPRISTONE / ミフェプリストン


分子量: 429.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35NO2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.1 Å / Num. obs: 36561 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.24 % / Biso Wilson estimate: 70.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 4.17 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5762 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M2Z

1m2z


解像度: 2.8→43.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 38.888 / SU ML: 0.335 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.104 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28317 1830 5 %RANDOM
Rwork0.22557 ---
obs0.22838 34667 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7828 0 134 27 7989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.131.99411019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856313165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8665982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97924.103329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.229151446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7131541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.54944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0451.51987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72127927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87133184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4634.53092
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 114 -
Rwork0.339 2494 -
obs--97.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9628.2803-3.345810.3193-3.46452.4381-0.0860.2216-0.44690.02350.0343-0.71040.24-0.11080.05170.069-0.0362-0.0150.38880.05660.2287-34.08834.509-66.038
21.5051-0.84683.29621.8509-1.624710.48540.0550.0539-0.0133-0.22640.03710.00790.2241-0.1776-0.09210.1153-0.10560.09820.1916-0.01550.2439-45.11829.059-23.527
310.25672.2873-3.82730.7925-1.36672.45790.2192-0.2110.12170.1181-0.13120.0523-0.25630.1667-0.0880.2744-0.0931-0.00440.134-0.06740.2142-12.4945.26-6.773
42.0873-1.2818-0.55662.37310.02770.213-0.32290.27180.2565-0.01470.3705-0.18040.1535-0.1971-0.04760.3368-0.31860.09520.42630.01120.2681-53.51620.496-29.557
51.44960.23830.23312.0496-0.70192.0116-0.0620.2495-0.1608-0.20720.07940.0210.4098-0.0322-0.01740.3445-0.19230.10360.1557-0.08410.1386-44.8348.914-31.847
63.17010.9841-0.57511.5682-0.21151.1091-0.0148-0.0674-0.27830.1256-0.083-0.29880.12540.24170.09790.1878-0.08910.0010.13570.00250.2129-9.27130.427-6.054
72.7273-0.6731.25312.7305-0.34622.6976-0.131-0.21250.35820.04450.02710.4227-0.4048-0.69350.10390.2197-0.04260.05710.3428-0.03310.2991-55.56939.603-22.51
82.5281.71930.0354.5927-0.05081.85790.0592-0.02160.38240.19370.05450.3906-0.1854-0.3026-0.11370.02670.03870.02110.40110.0730.2016-43.64245.91-65.009
95.8585-2.61257.6312.965-5.524912.4806-0.35740.58550.7495-0.045-0.8519-0.6135-0.15821.47721.20930.53670.01370.02790.5269-0.03080.5275-35.90315.701-47.907
1011.12990.9873-0.72040.4077-1.03393.0137-0.27470.8137-0.7449-0.0232-0.0024-0.11950.05870.15130.27710.2745-0.01150.03790.1545-0.09460.268-21.63321.88-16.753
113.52131.8818-0.28181.5982-2.42479.6792-0.2596-0.14810.3321-0.1799-0.03590.1156-0.37940.25870.29550.4287-0.1387-0.01740.30680.0070.3845-41.96749.703-17.87
129.4517-2.46510.17930.6642-2.772411.8348-0.6626-0.25710.1977-0.01740.0528-0.11920.4183-0.86470.60981.6911-0.25650.64161.4197-0.18550.9278-48.5944.424-47.577
135.7667-3.4095.375612.1326-3.18315.0136-0.48130.95360.5035-0.73050.03050.0773-0.470.90020.45080.3206-0.22550.0710.28520.04310.2987-34.66525.577-36.517
144.0155-5.36966.88297.1899-9.206511.80020.29730.35290.0678-0.4582-0.3863-0.09070.50230.58950.08910.7121-0.60660.30270.7948-0.12640.6593-17.8434.237-23.566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A527 - 553
2X-RAY DIFFRACTION2B528 - 553
3X-RAY DIFFRACTION3C527 - 553
4X-RAY DIFFRACTION4D530 - 553
5X-RAY DIFFRACTION5A554 - 746
6X-RAY DIFFRACTION5A768 - 776
7X-RAY DIFFRACTION5A3
8X-RAY DIFFRACTION6B554 - 746
9X-RAY DIFFRACTION6B768 - 776
10X-RAY DIFFRACTION6B1
11X-RAY DIFFRACTION7C554 - 740
12X-RAY DIFFRACTION7C768 - 776
13X-RAY DIFFRACTION7C4
14X-RAY DIFFRACTION8D554 - 741
15X-RAY DIFFRACTION8D768 - 776
16X-RAY DIFFRACTION8D2
17X-RAY DIFFRACTION9A747 - 767
18X-RAY DIFFRACTION10B747 - 767
19X-RAY DIFFRACTION11C754 - 767
20X-RAY DIFFRACTION12D751 - 767
21X-RAY DIFFRACTION13N2260 - 2274
22X-RAY DIFFRACTION14M2265 - 2274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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