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- PDB-3h4w: Structure of a Ca+2 dependent Phosphatidylinositol-specific phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h4w
タイトルStructure of a Ca+2 dependent Phosphatidylinositol-specific phospholipase C (PI-PLC) Enzyme from Streptomyces antibioticus
要素Phosphatidylinositol-specific phospholipase C1
キーワードHYDROLASE / PI-PLC / Ca2+-dependent / catalytic TIM barrel / disulfide-linked helix-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Phosphoinositide phospholipase C, Ca2+-dependent / Phosphoinositide phospholipase C, Ca2+-dependent / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / ETHANOL / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces antibioticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Jackson, M.R. / Selby, T.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Ca2+-dependent PI-PLC
著者: Jackson, M.R. / Selby, T.L.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-specific phospholipase C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,63615
ポリマ－36,8671
非ポリマー76814
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.377, 155.172, 41.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-specific phospholipase C1


分子量: 36867.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal aa sequence in the gene (1.mngkrcvgtasraaaaviavsgpaga.26) is cleaved off by the organism and was replaced with the HIS-tagged sequence (1.MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM.21) for protein ...詳細: The N-terminal aa sequence in the gene (1.mngkrcvgtasraaaaviavsgpaga.26) is cleaved off by the organism and was replaced with the HIS-tagged sequence (1.MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM.21) for protein expression. Selenomethionine incorporation using auxotrophic strain and synthetically substituted media.
由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア)
遺伝子: plc1, plc1 AB439135.1:1234..2268 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: B3A043, phosphoinositide phospholipase C

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非ポリマー , 5種, 328分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE 264 IN COORDINATES IS OBSERVED AS ALA, WHERE IT IS LISTED AS PRO IN UNP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 21% PEG 10000, 85mM sodium acetate pH 4.6, 170mM ammonium acetate, 9% glycerol. SeMe-derived crystals obtained with initial microseeding with underivatized crystals followed by a series of ...詳細: 21% PEG 10000, 85mM sodium acetate pH 4.6, 170mM ammonium acetate, 9% glycerol. SeMe-derived crystals obtained with initial microseeding with underivatized crystals followed by a series of macroseedings with derivatized enzyme and same conditions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→77.61 Å / Num. all: 52173 / Num. obs: 52171 / % possible obs: 95.15 % / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 11.65 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.2689
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.76 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. measured all: 36537 / Num. unique all: 6345 / % possible all: 81.66

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
112.39731.3880.448S201
222.1959.6074.931S200.88
312.69731.592-6.665S200.659
44.55522.236-6.836S200.421
5-12.1318.215-0.899S200.1
614.41916.9118.371S200.091
712.67933.157-14.943S200.089
81.2072.2368.918S200.085
9-12.28811.35814.31S200.053
10-14.72511.31620.55S200.046
114.11544.8736.667S200.031

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.2.25データスケーリング
SHELX位相決定
REFMACrefmac_5.5.0068精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→77.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.192 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.281 / SU ML: 0.04 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOO
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 5234 10 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 52168 94.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.16 Å2 / Biso mean: 14.295 Å2 / Biso min: 6.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→77.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 49 314 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0212515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9951.9463406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1115314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.27523.276116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.88315358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8591518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5671.51576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98122492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5913939
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.194.5914
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.87732515
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.3443315
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.67432459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.540.2053090.1722655401273.878
1.54-1.5820.2013420.1613020391985.787
1.582-1.6280.1853540.1493138380191.871
1.628-1.6780.1843650.1513192366797
1.678-1.7330.1993700.1563176359098.774
1.733-1.7940.2073270.1613129348199.282
1.794-1.8620.2153370.1642997335499.404
1.862-1.9380.2112690.1862614323689.091
1.938-2.0240.2033050.1782800311599.679
2.024-2.1220.1933060.1762639294999.864
2.122-2.2370.1812800.1752513285797.76
2.237-2.3730.2212150.182252269691.506
2.373-2.5360.1682770.17122642541100
2.536-2.7390.1992310.1821602391100
2.739-30.1972100.18319752185100
3-3.3540.1922200.18317751995100
3.354-3.8710.1871660.1791507179293.359
3.871-4.7390.171680.18613631531100
4.739-6.6890.2411180.24311021220100
6.689-77.590.368650.35566373898.645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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