PDB-3h4v: Selective screening and design to identify inhibitors of leishman...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h4v

タイトル

Selective screening and design to identify inhibitors of leishmania major pteridine reductase 1

要素

Pteridine reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN REDUCTASE / LEISHMANIA / TRYPANOSOMA / PTR1 / INHIBITOR / Methotrexate resistance / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Mcluskey, K. / Gibellini, F. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Discovery of potent pteridine reductase inhibitors to guide antiparasite drug development
著者: Cavazzuti, A. / Paglietti, G. / Hunter, W.N. / Gamarro, F. / Piras, S. / Loriga, M. / Allecca, S. / Corona, P. / McLuskey, K. / Tulloch, L. / Gibellini, F. / Ferrari, S. / Costi, M.P.

履歴

登録	2009年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2009年5月5日	ID: 2P8K
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h4v.cif.gz	442.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h4v.ent.gz	361.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h4v_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h4v_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	3h4v_validation.xml.gz	105.4 KB	表示
CIF形式データ	3h4v_validation.cif.gz	136.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qhxC 1e92S 1p33 1w0c 2bf7 2bfa 2bfm C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1p33-d 1w0c-2 2bfa-d 2bf7-d 6rxc-d 1e92-d 1e7w-1 1w0c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pteridine reductase 1

B: Pteridine reductase 1

C: Pteridine reductase 1

D: Pteridine reductase 1

E: Pteridine reductase 1

F: Pteridine reductase 1

G: Pteridine reductase 1

H: Pteridine reductase 1

ヘテロ分子

253 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pteridine reductase 1

B: Pteridine reductase 1

C: Pteridine reductase 1

D: Pteridine reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Pteridine reductase 1

F: Pteridine reductase 1

G: Pteridine reductase 1

H: Pteridine reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.206, 103.492, 146.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	7 - 15	7 - 15
2	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	7 - 15	7 - 15
3	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	C	C	7 - 15	7 - 15
4	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	D	D	7 - 15	7 - 15
5	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	E	E	7 - 15	7 - 15
6	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	F	F	7 - 15	7 - 15
1	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	17	17
2	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	17	17
3	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	17	17
4	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	17	17
5	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	E	E	17	17
6	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	F	F	17	17
1	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	19	19
2	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	19	19
3	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	19	19
4	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	19	19
5	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	19	19
6	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	F	F	19	19
1	4	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	21 - 35	21 - 35
2	4	1	SER	SER	LEU	LEU	B	B	21 - 35	21 - 35
3	4	1	SER	SER	LEU	LEU	C	C	21 - 35	21 - 35
4	4	1	SER	SER	LEU	LEU	D	D	21 - 35	21 - 35
5	4	1	SER	SER	LEU	LEU	E	E	21 - 35	21 - 35
6	4	1	SER	SER	LEU	LEU	F	F	21 - 35	21 - 35
1	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	A	A	37 - 38	37 - 38
2	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	B	B	37 - 38	37 - 38
3	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	C	C	37 - 38	37 - 38
4	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	D	D	37 - 38	37 - 38
5	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	E	E	37 - 38	37 - 38
6	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	F	F	37 - 38	37 - 38
1	6	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	40 - 42	40 - 42
2	6	1	SER	SER	ALA	ALA	B	B	40 - 42	40 - 42
3	6	1	SER	SER	ALA	ALA	C	C	40 - 42	40 - 42
4	6	1	SER	SER	ALA	ALA	D	D	40 - 42	40 - 42
5	6	1	SER	SER	ALA	ALA	E	E	40 - 42	40 - 42
6	6	1	SER	SER	ALA	ALA	F	F	40 - 42	40 - 42
1	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	44 - 53	44 - 53
2	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	44 - 53	44 - 53
3	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	44 - 53	44 - 53
4	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	44 - 53	44 - 53
5	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	E	E	44 - 53	44 - 53
6	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	44 - 53	44 - 53
1	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	55 - 60	55 - 60
2	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	55 - 60	55 - 60
3	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	55 - 60	55 - 60
4	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	55 - 60	55 - 60
5	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	E	E	55 - 60	55 - 60
6	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	F	F	55 - 60	55 - 60
1	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	63 - 69	63 - 69
2	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	63 - 69	63 - 69
3	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	63 - 69	63 - 69
4	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	63 - 69	63 - 69
5	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	E	E	63 - 69	63 - 69
6	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	F	F	63 - 69	63 - 69
1	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	82 - 117	82 - 117
2	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	82 - 117	82 - 117
3	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	82 - 117	82 - 117
4	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	82 - 117	82 - 117
5	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	E	E	82 - 117	82 - 117
6	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	F	F	82 - 117	82 - 117
1	11	1	THR	THR	ALA	ALA	A	A	138 - 159	138 - 159
2	11	1	THR	THR	ALA	ALA	B	B	138 - 159	138 - 159
3	11	1	THR	THR	ALA	ALA	C	C	138 - 159	138 - 159
4	11	1	THR	THR	ALA	ALA	D	D	138 - 159	138 - 159
5	11	1	THR	THR	ALA	ALA	E	E	138 - 159	138 - 159
6	11	1	THR	THR	ALA	ALA	F	F	138 - 159	138 - 159
1	12	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	162 - 167	162 - 167
2	12	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	162 - 167	162 - 167
3	12	1	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	162 - 167	162 - 167
4	12	1	VAL	VAL	ALA	ALA	D	D	162 - 167	162 - 167
5	12	1	VAL	VAL	ALA	ALA	E	E	162 - 167	162 - 167
6	12	1	VAL	VAL	ALA	ALA	F	F	162 - 167	162 - 167
1	13	1	ARG	ARG	SER	SER	A	A	170 - 227	170 - 227
2	13	1	ARG	ARG	SER	SER	B	B	170 - 227	170 - 227
3	13	1	ARG	ARG	SER	SER	C	C	170 - 227	170 - 227
4	13	1	ARG	ARG	SER	SER	D	D	170 - 227	170 - 227
5	13	1	ARG	ARG	SER	SER	E	E	170 - 227	170 - 227
6	13	1	ARG	ARG	SER	SER	F	F	170 - 227	170 - 227
1	14	1	TYR	TYR	SER	SER	A	A	248 - 267	248 - 267
2	14	1	TYR	TYR	SER	SER	B	B	248 - 267	248 - 267
3	14	1	TYR	TYR	SER	SER	C	C	248 - 267	248 - 267
4	14	1	TYR	TYR	SER	SER	D	D	248 - 267	248 - 267
5	14	1	TYR	TYR	SER	SER	E	E	248 - 267	248 - 267
6	14	1	TYR	TYR	SER	SER	F	F	248 - 267	248 - 267
1	15	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	269	269
2	15	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	269	269
3	15	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	269	269
4	15	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	269	269
5	15	1	ALA	ALA	ALA	ALA	E	E	269	269
6	15	1	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	269	269
1	16	1	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	271 - 277	271 - 277
2	16	1	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	271 - 277	271 - 277
3	16	1	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	271 - 277	271 - 277
4	16	1	TYR	TYR	VAL	VAL	D	D	271 - 277	271 - 277
5	16	1	TYR	TYR	VAL	VAL	E	E	271 - 277	271 - 277
6	16	1	TYR	TYR	VAL	VAL	F	F	271 - 277	271 - 277
1	17	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	279 - 288	279 - 288
2	17	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	279 - 288	279 - 288
3	17	1	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	279 - 288	279 - 288
4	17	1	VAL	VAL	ALA	ALA	D	D	279 - 288	279 - 288
5	17	1	VAL	VAL	ALA	ALA	E	E	279 - 288	279 - 288
6	17	1	VAL	VAL	ALA	ALA	F	F	279 - 288	279 - 288
1	1	2	NAP	NAP	DVP	DVP	A	I - J	300 - 301
2	1	2	NAP	NAP	DVP	DVP	B	K - L	300 - 301
3	1	2	NAP	NAP	DVP	DVP	C	M - N	300 - 301
4	1	2	NAP	NAP	DVP	DVP	D	O - P	300 - 301
5	1	2	NAP	NAP	DVP	DVP	E	Q - R	300 - 301
6	1	2	NAP	NAP	DVP	DVP	F	S - T	300 - 301

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Pteridine reductase 1 / H region methotrexate resistance protein 分子量: 30440.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: PTR1, HMTXR / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-DVP / METHYL 1-(4-{[(2,4-DIAMINOPTERIDIN-6-YL)METHYL]AMINO}BENZOYL)PIPERIDINE-4-CARBOXYLATE / 1-{4-[(2,4-DIAMINO-PTERIDIN-6-YLMETHYL)-AMINO]-BENZOYL}-PIPERIDINE-4-CARBOXYLIC ACID METHYL ESTER 分子量: 436.467 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THERE IS CONFLICT BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE AT THE POSITION. ...THERE IS CONFLICT BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE AT THE POSITION. IT IS REFERRED TO REFERENCE 3 IN Q01782.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.5 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 12% PEG 5000, 100MM SODIUM ACETATE, 100MM CALCIUM ACETATE, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月28日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 100504 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 27 Å² / R_merge(I) obs: 0.25 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0003	精密化
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E92

1e92

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.826 / SU B: 12.183 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.576 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.356	4985	5 %	RANDOM
R_work	0.276	-	-	-
obs	0.28	100504	95.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	-0.39 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15900	0	640	1098	17638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	16892
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.852	1.991	23096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.942	5	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.928	22.596	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.559	15	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.789	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	9589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	11405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.307	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.495	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.27	4	10879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.108	8	16949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.772	10	7030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.7	10	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1534	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	B	1534	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	C	1534	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	D	1534	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	E	1534	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
1	F	1534	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
1	A	1534	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
1	B	1534	TIGHT THERMAL	0.28	0.5
1	C	1534	TIGHT THERMAL	0.26	0.5
1	D	1534	TIGHT THERMAL	0.24	0.5
1	E	1534	TIGHT THERMAL	0.36	0.5
1	F	1534	TIGHT THERMAL	0.36	0.5
2	A	80	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	B	80	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	C	80	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	D	80	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	E	80	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	F	80	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	A	80	TIGHT THERMAL	0.28	0.5
2	B	80	TIGHT THERMAL	0.25	0.5
2	C	80	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
2	D	80	TIGHT THERMAL	0.24	0.5
2	E	80	TIGHT THERMAL	0.3	0.5
2	F	80	TIGHT THERMAL	0.29	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	310	-
R_work	0.305	6292	-
obs	-	-	84.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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