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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h4o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a nitroreductase family protein (cd3355) from clostridium difficile 630 at 1.50 A resolution | ||||||
![]() | NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN (YP_001089872.1) from CLOSTRIDIUM DIFFICILE 630 at 1.50 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 750.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 750.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22310.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CD3355, YP_001089872.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-MRD / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % 解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND . 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | 詳細: 35.0000% Dioxane, 0.001 M flavin mononucleotide (FMN), NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月22日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→29.348 Å / Num. obs: 32401 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 12.217 Å2 Rfree details: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND . Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.97 反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. A FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN) MOLECULE IS MODELED INTO THE PUTATIVE ACTIVE SITE ON EACH SUBUNIT. THE FMN RESTRAINTS WERE CHANGED TO ALLOW BENDING OF THE ISOALLOXAZINE RING ALONG THE N5-N10 VIRTUAL AXIS RESULTING IN AN IMPROVED FIT BETWEEN THE FMN COORDINATES AND ELECTRON DENSITY. 4. (4S)- and (4R)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD / MRD) MOLECULES WERE MODELED BASED ON THE CRYOPROTECTION CONDITION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.68 Å2 / Biso mean: 15.258 Å2 / Biso min: 3.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.348 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.501→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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