PDB-3h4c: Structure of the C-terminal Domain of Transcription Factor IIB fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h4c

タイトル

Structure of the C-terminal Domain of Transcription Factor IIB from Trypanosoma brucei

要素

Transcription factor TFIIB-like

キーワード

TRANSCRIPTION / cyclin / Transcription Factor TFIIB repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II complex binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Syed Ibrahim, B. / Kanneganti, N. / Rieckhof, G.E. / Das, A. / Laurents, D.V. / Palenchar, J.B. / Bellofatto, V. / Wah, D.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of the C-terminal domain of transcription factor IIB from Trypanosoma brucei.
著者: Ibrahim, B.S. / Kanneganti, N. / Rieckhof, G.E. / Das, A. / Laurents, D.V. / Palenchar, J.B. / Bellofatto, V. / Wah, D.A.

履歴

登録	2009年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h4c.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h4c.ent.gz	39.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yxm-d 4irg-1 4gvp-1 6od0-2 4irh-1 4gvp-3 1i6a-d 6r6m-d 6drq-d 5hdg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription factor TFIIB-like

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.233, 109.233, 51.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-16- HOH

#1: タンパク質	Transcription factor TFIIB-like 分子量: 28609.207 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 427 / 遺伝子: TFIIB-like / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q257B3
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 24% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M Bis-tris (2-Bis(2-hydroxyethyl)amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
シンクロトロン	NSLS	X29A		2	0.9791,0.9793,0.9700

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2008年6月10日	VariMax
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2008年8月11日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	VariMax optic	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.9791	1
3	0.9793	1
4	0.97	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13573 / Num. obs: 13573 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0036	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→7.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 13.455 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24938	1342	10.2 %	RANDOM
R_work	0.2037	-	-	-
all	0.20831	13203	-	-
obs	0.20831	11861	95.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→7.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1609	0	4	56	1669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.065	1.992	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.806	5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.402	22.464	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.031	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.282	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.299	1.5	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.59	2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.115	3	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.895	4.5	554

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.355 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	103	-
R_work	0.24	794	-
obs	-	-	93.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6272	-6.2454	0.5423	14.9919	-2.7233	0.8443	-0.0944	0.0158	-0.4109	-0.3602	0.1603	0.8032	0.2256	-0.082	-0.0659	0.2493	-0.0571	-0.0349	0.0976	0.0133	0.2329	20.132	7.897	13.59
2	3.0197	-1.2475	0.8389	3.3713	-2.0353	3.7091	0.183	0.3667	-0.203	-0.4353	-0.0515	0.236	0.3813	-0.1686	-0.1315	0.2153	-0.0187	-0.0626	0.0698	-0.0036	0.1434	25.559	14.001	8.206
3	6.1309	-5.4317	0.1461	11.7191	1.1071	1.2871	-0.2934	-0.4687	-0.0179	0.5928	0.36	-0.4212	0.1962	0.1967	-0.0667	0.3027	-0.0094	-0.0431	0.1173	0.0721	0.1831	29.083	4.473	23.3
4	1.4975	0.7262	-1.1774	2.1524	-0.7463	2.7749	0.1347	0.0282	0.0344	-0.147	0.1086	0.134	0.1879	-0.0764	-0.2432	0.1988	-0.0019	-0.0378	0.11	0.0148	0.1782	27.495	21.431	13.261
5	6.5699	-5.2331	2.9509	8.8014	-5.3836	7.0618	-0.6294	-0.5197	-0.2551	0.6734	0.6619	0.4889	-0.2815	-0.2226	-0.0326	0.2313	0.0336	-0.0181	0.0776	0.0281	0.1709	26.768	18.461	21.365
6	3.7005	-0.1521	3.1095	12.5445	-3.9583	7.5558	-0.0216	-0.347	-0.0886	0.1674	-0.3041	-1.191	0.0354	0.6992	0.3257	0.0962	0.0431	0.0043	0.266	0.0138	0.2714	41.164	15.899	15.731
7	8.2742	-4.5621	3.1801	7.2018	-2.8535	8.5401	0.0239	-0.0357	-0.2158	0.1336	0.098	0.0293	-0.4302	-0.0386	-0.1218	0.2258	-0.0191	0.0499	0.0939	-0.0063	0.1485	31.378	33.283	6.722
8	1.597	0.7185	0.7937	1.9955	1.6994	10.7938	-0.1596	-0.0087	-0.0006	-0.0818	0.2368	-0.3619	-0.3964	0.5207	-0.0773	0.1904	-0.0041	0.0146	0.0767	-0.0298	0.1301	36.346	41.329	13.699
9	6.0378	-0.9667	0.6387	13.3838	-3.125	3.1882	0.0028	-0.108	0.3445	-0.3242	0.0072	0.221	-0.0452	-0.1721	-0.01	0.1978	-0.005	0.0008	0.0755	-0.0298	0.1394	28.707	41.87	12.941
10	7.9881	4.4698	0.5631	10.1774	0.5826	2.6606	-0.131	0.1599	0.8021	-0.082	0.3169	0.6237	-1.1117	-0.2709	-0.1859	0.55	0.0807	0.004	0.0837	0.0736	0.2117	24.381	45.967	10.338
11	6.0716	3.2496	1.0281	7.5056	1.2172	2.6477	0.0577	-0.1195	0.1646	0.3171	0.0597	-0.0407	-0.2979	-0.1911	-0.1174	0.2588	0.0567	-0.015	0.0444	-0.0096	0.058	27.309	43.573	18.416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	143 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	169 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	184 - 196
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	197 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	216 - 241
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	242 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	256 - 285
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	286 - 313

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)