PDB-3h3f: Rabbit muscle L-lactate dehydrogenase in complex with NADH and oxamate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h3f

タイトル

Rabbit muscle L-lactate dehydrogenase in complex with NADH and oxamate

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / ROSSMANN FOLD / GLYCOLYSIS / NAD / NADH / OXAMATE / M-TYPE TETRAMER

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Bujacz, G. / Swiderek, K. / Paneth, P.

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2009
タイトル: Modeling of isotope effects on binding oxamate to lactic dehydrogenase
著者: Swiderek, K. / Panczakiewicz, A. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Paneth, P.

履歴

登録	2009年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h3f.cif.gz	539.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h3f.ent.gz	444.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i10S 1i0z 2v65 2v6b S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bb2-2 4ajk-d 5nqq-d 5w8k-d 1i0z-1 5zje-1 5zjd-1 4qo8-d 5zje-3 5zjd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (12) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

299 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.495, 85.279, 138.526
Angle α, β, γ (deg.)	98.49, 91.67, 111.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / LDH muscle subunit / LDH-M 分子量: 36481.375 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: muscle / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P13491, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸分子量: 89.050 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃
#4: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 8K, Tris buffer, pH7.5, Sodium acetate 0.1M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8162 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 HORIZONTALLY FOCUSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8162 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→60 Å / Num. all: 234352 / Num. obs: 98703 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6121 / % possible all: 55.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I10

1i10

解像度: 2.38→60 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 16.33 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.85 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20676	4887	5 %	RANDOM
R_work	0.15973	-	-	-
all	0.16208	98703	-	-
obs	0.16207	93816	89.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.508 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	1.3 Å²	-0.22 Å²
2-	-	1.83 Å²	-0.05 Å²
3-	-	-	-1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→60 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20472	0	492	1196	22160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	21392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.088	1.99	28981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.591	5	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.214	24.994	815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.934	15	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.887	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	15452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.729	1.5	13192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.36	2	21265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.35	3	8200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.625	4.5	7715

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	200	-
R_work	0.284	4001	-
obs	-	-	51.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5924	-0.1114	-0.0974	1.0934	-0.0382	0.7165	-0.0683	0.1025	-0.0631	-0.1468	0.0054	-0.0486	0.1097	0.0538	0.0629	0.043	-0.0061	0.0227	0.0264	-0.007	0.0138	12.7778	-8.4688	-16.1116
2	0.6293	-0.0673	0.0529	0.784	0.009	0.8233	-0.0521	0.0459	-0.0012	0.0114	0.025	0.0336	-0.0799	-0.0848	0.0271	0.0113	0.0047	-0.0021	0.0143	-0.0017	0.0023	-13.1426	11.9222	-13.8193
3	0.758	0.1201	0.05	0.6219	-0.0789	0.7582	-0.0612	-0.0459	-0.1338	0.0538	0.0322	0.0098	0.1345	-0.082	0.029	0.0409	-0.0067	0.0225	0.0126	0.0059	0.0276	-7.2747	-15.8804	14.0024
4	0.502	0.2158	0.189	0.6158	0.0042	0.6757	-0.0572	-0.064	0.0321	0.1322	-0.0157	-0.0298	-0.1205	0.0233	0.0729	0.0627	0.0047	-0.0238	0.0126	-0.0005	0.0109	8.118	13.0352	16.8772
5	0.8263	0.0406	-0.0156	0.9396	0.4982	0.7292	-0.0622	-0.0925	-0.0873	0.1106	-0.0207	0.0987	0.1302	-0.1169	0.0829	0.0286	-0.0098	0.0229	0.063	0.0009	0.0221	-39.2471	14.9198	-55.5896
6	0.6309	-0.0487	0.0518	0.8497	-0.1496	0.8098	-0.0521	-0.0924	0.0821	0.0528	-0.0142	-0.0753	-0.1383	0.03	0.0662	0.0273	0.0007	-0.0184	0.0268	-0.0074	0.0193	-12.3105	32.8455	-49.6142
7	0.4864	-0.1217	-0.0433	0.7085	0.01	0.8348	-0.015	0.0415	-0.0374	-0.103	-0.0431	-0.0358	0.0808	0.0183	0.0581	0.0249	0.0068	0.0135	0.0149	0.001	0.0095	-15.4906	13.6097	-83.9186
8	0.7409	-0.0342	0.1491	0.9631	0.0346	0.8025	-0.0641	0.1145	0.1484	-0.1179	-0.0107	0.0187	-0.1857	-0.0173	0.0748	0.0605	0.0091	-0.027	0.047	0.0164	0.0336	-28.4942	43.5925	-81.2807
9	0.0568	-0.0297	0.0193	0.2072	-0.4666	1.1724	-0.0339	0.0097	-0.0021	0.0401	-0.0146	-0.0214	-0.0692	0.0185	0.0484	0.0214	-0.0084	0.0002	0.0135	-0.0084	0.0098	-11.7866	13.3702	-34.0619
10	0.1677	-0.0771	0.2208	0.2933	-0.7648	2.5433	-0.1451	-0.0015	0.0553	0.0478	-0.0647	-0.0557	-0.079	-0.1348	0.2098	0.1047	-0.0237	-0.0134	0.1166	-0.03	0.0733	-11.8914	13.4072	-33.6836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	117 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	96 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	117 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	96 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	117 - 331
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 331
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 331
14	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 95
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	96 - 116
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	117 - 331
17	X-RAY DIFFRACTION	9	A	332
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	332
19	X-RAY DIFFRACTION	9	B	332
20	X-RAY DIFFRACTION	9	E	332
21	X-RAY DIFFRACTION	9	D	332
22	X-RAY DIFFRACTION	9	G	332
23	X-RAY DIFFRACTION	9	F	332
24	X-RAY DIFFRACTION	9	H	332
25	X-RAY DIFFRACTION	10	A	333
26	X-RAY DIFFRACTION	10	C	333
27	X-RAY DIFFRACTION	10	B	333
28	X-RAY DIFFRACTION	10	E	333
29	X-RAY DIFFRACTION	10	D	333
30	X-RAY DIFFRACTION	10	G	333
31	X-RAY DIFFRACTION	10	F	333
32	X-RAY DIFFRACTION	10	H	333

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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