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- PDB-3h2s: Crystal Structure of the Q03B84 Protein from Lactobacillus casei.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h2s
タイトルCrystal Structure of the Q03B84 Protein from Lactobacillus casei. Northeast Structural Genomics Consortium Target LcR19.
要素Putative NADH-flavin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Q03B84 / NADH-flavin reductase / NESG / LcR19 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / NADH-flavin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei ATCC 334 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J. / Nair, R. ...Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J. / Nair, R. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Q03B84 protein from Lactobacillus casei.
著者: Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J. / Nair, R. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NADH-flavin reductase
B: Putative NADH-flavin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2844
ポリマ－48,7932
非ポリマー1,4912
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.664, 93.768, 102.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細DIMER ACCORDING TO AGGREGATION SCREENING: 46.96 KDA, 96.9%

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要素

#1: タンパク質 Putative NADH-flavin reductase


分子量: 24396.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei ATCC 334 (バクテリア)
遺伝子: LSEI_0698 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q03B84
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Potassium nitrate, 1mM NADPH, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 80385 / Num. obs: 80385 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 8596 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.365 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2131 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 42277 93.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.052 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3233 0 96 360 3689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9984671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0135430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76923.676136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70515497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5591522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.22313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2851.52194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.24323430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.09131359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.2294.51241
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 120 -
Rwork0.204 2366 -
obs-2486 76.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1151-0.0276-0.04890.1605-0.05750.1262-0.0082-0.00450.01210.0050.00130.0069-0.0096-0.01110.0068-0.0088-0.0019-0.0021-0.0044-0.0032-0.003119.67950.30442.676
20.191-0.0369-0.01140.18560.0830.1973-0.00910.01410.0029-0.00560.0004-0.0123-0.01630.01320.0087-0.0114-0.0029-0.0026-0.0061-0.0006-0.004228.02650.17311.872
34.6015-4.00751.03464.9455-0.41880.39240.08780.0367-0.0428-0.163-0.13020.0404-0.05870.04780.0423-0.0102-0.0176-0.0023-0.0092-0.0045-0.037826.9546.09845.476
42.72043.37831.41554.87981.56330.79190.04370.0039-0.05220.1683-0.00170.09430.00370.0374-0.0419-0.0071-0.00020.0127-0.00160.0104-0.012920.70146.0519.231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A301
4X-RAY DIFFRACTION4L - A302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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