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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h21 | ||||||
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タイトル | Structural Studies of Pterin-Based Inhibitors of Dihydropteroate Synthase | ||||||
![]() | Dihydropteroate synthase | ||||||
![]() | Transferase/Transferase Inhibitor / ANTHRACIS / FOLATE BIOSYNTHESIS / DIHYDROPTEROATE / PTERINE / Transferase / Transferase-Transferase Inhibitor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yun, M.-K. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of pterin-based inhibitors of dihydropteroate synthase. 著者: Hevener, K.E. / Yun, M.K. / Qi, J. / Kerr, I.D. / Babaoglu, K. / Hurdle, J.G. / Balakrishna, K. / White, S.W. / Lee, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3h22C ![]() 3h23C ![]() 3h24C ![]() 3h26C ![]() 3h2aC ![]() 3h2cC ![]() 3h2eC ![]() 3h2fC ![]() 3h2mC ![]() 3h2nC ![]() 3h2oC ![]() 1tx0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: folP, BAO_0074 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B1UXN2, UniProt: Q81VW8*PLUS, dihydropteroate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: LITHIUM SULFATE, propane, Bis-Tris pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→47.96 Å / Num. all: 30565 / Num. obs: 30565 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 40 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1844 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 57.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1TX0 解像度: 2.32→47.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 23.234 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.437 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→47.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.32→2.381 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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