PDB-3h20: Crystal structure of primase RepB'

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h20

タイトル

Crystal structure of primase RepB'

要素

Replication protein B

キーワード

REPLICATION / primase / Nucleotidyltransferase / helix-bundle-domain / RSF1010

機能・相同性

機能・相同性情報

RepB DNA-primase, N-terminal domain / RepB DNA-primase, N-terminal domain / RepB-like DNA primase domain / RepB DNA-primase N-terminal domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Plasmid RSF1010 (その他)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Geibel, S. / Banchenko, S. / Engel, M. / Lanka, E. / Saenger, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure and function of primase RepB' encoded by broad-host-range plasmid RSF1010 that replicates exclusively in leading-strand mode
著者: Geibel, S. / Banchenko, S. / Engel, M. / Lanka, E. / Saenger, W.

履歴

登録	2009年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h20.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h20.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h20_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h20_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	3h20_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	3h20_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/3h20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/3h20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h25C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kbf-2 1h1n-d 6u05-d 5e2m-d 5ue3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Replication protein B

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Replication protein B

ヘテロ分子

A: Replication protein B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.740, 91.740, 83.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Replication protein B 分子量: 35958.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plasmid RSF1010 (その他) / 遺伝子: repb / プラスミド: pMS4708 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 参照: UniProt: Q52349, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.64 % / Mosaicity: 0.284 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.3M ammonium sulfate, 22% (wt/vol) PEG monomethyl ether 2000, 5% (vol/vol) gamma-butyrolactone, 100mM sodium acetate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1
4		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-2	1	0.931
シンクロトロン	ESRF	ID14-2	2	1.2557, 1.0442, 1.1406, 1.1402

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2006年7月4日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2005年11月26日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.931	1
2	1.2557	1
3	1.0442	1
4	1.1406	1
5	1.1402	1

Reflection

D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
3.6	1	15.9	62854	0.039	0.99	17528	96.5
3.9	2	15.7	70362	0.039	0.95	18120	99.9
3.9	3	15.9	70980	0.037	0.98	18159	99.9
3.5	4	14.7	61428	0.04	1.02	17497	96

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.81	50	99.2	1	0.02	1.141	3.9
4.62	5.81	100	1	0.027	0.899	3.9
4.03	4.62	100	1	0.03	0.957	3.9
3.66	4.03	100	1	0.039	0.973	3.9
3.4	3.66	100	1	0.06	1.011	3.9
3.2	3.4	100	1	0.085	0.991	3.9
3.04	3.2	100	1	0.147	0.992	3.8
2.91	3.04	99.6	1	0.219	1.005	3.5
2.8	2.91	93.3	1	0.249	0.969	2.6
2.7	2.8	72.5	1	0.274	0.93	1.8
5.81	50	99.2	2	0.021	0.89	3.9
4.62	5.81	100	2	0.027	0.959	3.9
4.03	4.62	100	2	0.028	0.947	3.9
3.66	4.03	100	2	0.036	0.967	3.9
3.4	3.66	100	2	0.053	1.005	3.9
3.2	3.4	100	2	0.076	0.996	3.9
3.04	3.2	100	2	0.126	0.971	3.9
2.91	3.04	100	2	0.185	0.938	3.9
2.8	2.91	100	2	0.259	0.903	3.9
2.7	2.8	99.9	2	0.345	0.899	3.6
5.81	50	99	3	0.017	0.946	3.9
4.62	5.81	100	3	0.024	1.024	4
4.03	4.62	100	3	0.025	1.034	3.9
3.66	4.03	100	3	0.034	1.042	3.9
3.4	3.66	100	3	0.052	0.971	3.9
3.2	3.4	100	3	0.075	0.968	3.9
3.04	3.2	100	3	0.126	0.984	3.9
2.91	3.04	100	3	0.187	0.978	3.9
2.8	2.91	100	3	0.245	0.934	3.9
2.7	2.8	100	3	0.339	0.954	3.8
5.81	50	99.2	4	0.019	1.003	3.8
4.62	5.81	99.8	4	0.028	0.917	3.8
4.03	4.62	99.9	4	0.031	0.997	3.7
3.66	4.03	99.8	4	0.042	1.045	3.8
3.4	3.66	100	4	0.066	1.068	3.8
3.2	3.4	99.8	4	0.099	1.07	3.6
3.04	3.2	99.9	4	0.176	1.013	3.8
2.91	3.04	99.9	4	0.267	1.024	3.4
2.8	2.91	97.6	4	0.357	1.004	3
2.7	2.8	64.4	4	0.361	1.073	1.9

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 24819 / Num. obs: 24774 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 1.985→2.036 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.99→19.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 6.409 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1026	4.1 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.197	24819	-	-
obs	0.197	24774	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.055 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2164	0	24	253	2441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.096	1.974	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.209	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.762	23.96	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.886	15	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.981	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.282	0.2	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.099	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.536	1.5	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.838	2	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.536	3	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.516	4.5	748

LS精密化シェル

解像度: 1.985→2.036 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	7	-
R_work	0.2	1457	-
obs	-	1464	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.893	0.2555	-0.0318	4.7569	-2.3584	2.6421	-0.0168	0.0295	-0.1594	-0.0431	-0.1479	-0.3394	0.1148	0.2914	0.1648	-0.2674	0.0164	0.0176	-0.1872	-0.0089	-0.1897	22.8109	38.5756	52.3602
2	8.8887	-3.8048	-16.0669	3.743	7.0733	34.4259	0.0742	0.2216	-0.231	-0.9582	-0.4026	-0.2867	0.1912	0.2198	0.3285	0.1826	0.1226	0.1056	-0.184	0.0581	-0.1004	24.0899	46.0587	21.1828
3	7.5641	-1.1367	7.9648	2.1579	-1.2476	13.1794	0.1876	-0.1018	-0.1933	-0.0993	-0.3556	0.3474	0.255	-1.2756	0.168	-0.1587	-0.0308	0.0318	0.0437	-0.162	-0.0456	53.9431	26.8101	1.4134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	5 - 177
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	178 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	219 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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