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- PDB-3h11: Zymogen caspase-8:c-FLIPL protease domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h11
タイトルZymogen caspase-8:c-FLIPL protease domain complex
要素
  • CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
  • Caspase-8
  • IETD aldehyde inhibitor
キーワードAPOPTOSIS / cell death / Caspase / Alternative splicing / Host-virus interaction / Polymorphism / Cytoplasm / Disease mutation / Hydrolase / Phosphoprotein / Protease / Thiol protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation ...negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / Apoptotic execution phase / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / regulation of necroptotic process / positive regulation of extracellular matrix organization / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / self proteolysis / positive regulation of macrophage differentiation / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / response to cobalt ion / skeletal muscle tissue regeneration / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of hepatocyte proliferation / CLEC7A/inflammasome pathway / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / natural killer cell activation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / RIPK1-mediated regulated necrosis / response to anesthetic / execution phase of apoptosis / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / response to testosterone / B cell activation / response to tumor necrosis factor / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of execution phase of apoptosis / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to nitric oxide / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / proteolysis involved in protein catabolic process / T cell activation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / enzyme activator activity / Regulation of TNFR1 signaling / cellular response to estradiol stimulus / cellular response to mechanical stimulus / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of neuron projection development / protein processing / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / heart development / cell body / protease binding / scaffold protein binding / response to ethanol / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site ...Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Yu, J.W. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Mechanism of procaspase-8 activation by c-FLIPL.
著者: Yu, J.W. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y.
履歴
登録2009年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
B: Caspase-8
C: IETD aldehyde inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9833
ポリマ－62,9833
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.990, 76.680, 114.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細authors state that the small peptide (chain C) is a covalent inhibitor, and the native state of the proteins (chain A and chain B) is dimeric.

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要素

#1: タンパク質 CASP8 and FADD-like apoptosis regulator


分子量: 31450.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFLAR, CASH, CASP8AP1, CLARP, MRIT / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15519
#2: タンパク質 Caspase-8


分子量: 31001.135 Da / 分子数: 1 / Mutation: D359A, D369A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#3: タンパク質・ペプチド IETD aldehyde inhibitor


分子量: 531.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THIS SEQUENCE DISCREPANCY MAY BE DUE TO VARIATIONS AMONG DIFFERENT CONSTRUCTS IN ...AUTHORS STATE THAT THIS SEQUENCE DISCREPANCY MAY BE DUE TO VARIATIONS AMONG DIFFERENT CONSTRUCTS IN THE DATABASES. RESIDUE 369 IS ASN IN GENBANK ENTRY CAA74366.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.9 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS), 0.2 M lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月31日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 37398 / Num. obs: 37398 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3674 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1868369.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1844 4.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 37271 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.9415 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2--8.77 Å20 Å2
3----13.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3595 0 0 123 3718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 290 4.7 %
Rwork0.289 5830 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5modifiers.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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