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- PDB-3h0x: Crystal structure of peptide-binding domain of Kar2 protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0x
タイトルCrystal structure of peptide-binding domain of Kar2 protein from Saccharomyces cerevisiae
要素78 kDa glucose-regulated protein homolog
キーワードCHAPERONE / structural genomics / APC89502.3 / peptide binding / Kar2 / BiP / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Endoplasmic reticulum / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / fungal-type cell wall beta-glucan biosynthetic process / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / endoplasmic reticulum chaperone complex / protein-transporting ATPase activity / protein localization to endoplasmic reticulum / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / post-translational protein targeting to membrane, translocation ...detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / fungal-type cell wall beta-glucan biosynthetic process / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / endoplasmic reticulum chaperone complex / protein-transporting ATPase activity / protein localization to endoplasmic reticulum / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / response to unfolded protein / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family ...Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoplasmic reticulum chaperone BiP
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Gu, M. / Sahi, C. / Craig, E.A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of peptide-binding domain of Kar2 protein from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Gu, M. / Sahi, C. / Craig, E.A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 78 kDa glucose-regulated protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4141
ポリマ－16,4141
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: 78 kDa glucose-regulated protein homolog

A: 78 kDa glucose-regulated protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8272
ポリマ－32,8272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2390 Å2
ΔGint-10.2 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.846, 103.113, 80.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE MONOMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE.

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要素

#1: タンパク質 78 kDa glucose-regulated protein homolog / GRP 78 / Immunoglobulin heavy chain-binding protein homolog / BiP


分子量: 16413.590 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptide-binding domain: UNP residues 438-586 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GRP78, J1248, KAR2, SSD1, YJL034W / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16474
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium citrate, 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→35.1 Å / Num. all: 13673 / Num. obs: 13673 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.245 / Net I/σ(I): 31.919
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 638 / Χ2: 1.015 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0054精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OP6

2op6


解像度: 1.92→35.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 9.021 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 676 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 13646 --
obs0.188 13646 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.85 Å2 / Biso mean: 27.182 Å2 / Biso min: 13.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→35.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 0 120 1254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.9951651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86732081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6345169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.38926.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.49915240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.103156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.5779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2351.5314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53721280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4753431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3394.5360
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 49 -
Rwork0.285 929 -
all-978 -
obs-978 98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8692-0.74070.96662.691-0.30781.0236-0.0330.10550.1296-0.03620.0845-0.2849-0.07270.0183-0.05150.060.004-0.01310.0617-0.02130.09358.56849.71544.5716
20.65360.95310.45842.4965-2.616510.2810.01880.06380.1164-0.13560.05030.24480.35520.1539-0.06920.12410.0808-0.00810.0850.04440.0787-7.145216.63833.5403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A437 - 551
2X-RAY DIFFRACTION2A552 - 586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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